Довольно значительное количество выходцев из бригады Эрхарда в конце концов прибилось к СА и СС. Не стал исключением и Брейхтхаупт. 1 августа 1931 г. он вступил в НСДАП (билет № 602 663), а 27 ноября того же года – в СА. Получив чин штурмбаннфюрера СА, Брейтхаупт занял пост начальника штаба Мюнхенской имперской школы руководителей (Reichsführerschule München). 1 апреля 1932 г. Брейтхаупта из школы уволили, оставив «для особых поручений» при штабе СА. В это время Генрих Гиммлер активно искал кадры для своих быстро растущих СС, и одним из подобных резервуаров были СА, откуда рейхсфюрер переманивал наиболее перспективных офицеров. Брейтхаупт был одним из таких – кадровый офицер (даже не офицер военного времени) и инструктор по физической подготовке был крайне желанным кадром для СС, где подобных людей катастрофически не хватало. Да и самому бывшему потомственному офицеру кайзеровской армии больше нравилась жесткая дисциплина СС, чем вольница СА. В результате 1 декабря 1932 г. состоялся переход Франца Брейтхаупта в СС (билет № 39 719), где он в тот же день получил чин штурмбаннфюрера СС, что соответствовало его воинскому званию майора. Брейтхаупт сразу же получил высокое назначение: он стал адъютантом рейхсфюрера СС. Далее карьера Брейтхаупта в СС шла очень быстро: уже 31 июля 1933 г. он был произведен в оберштурмбаннфюреры СС и назначен офицером для особых поручений в штабе рейхсфюрера СC. 9 ноября 1933 г. он стал штандартенфюрером СС, а 9 ноября 1934 г. – адъютантом рейхсфюрера СС и командиром гарнизона СС в Берлине с производством в оберфюреры СС. Таким образом, всего менее чем за два года бывший майор превратился в полковника. Одновременно с 1934 г. Брейтхаупт являлся казначеем, а в 1942–1945 гг. – президентом Германского общества по спасению жизни (Deutsche Lebensrettungsgesellschaft). Пост адъютанта рейхсфюрера СС Брейтхаупт занимал до 1 апреля 1936 г., а командира берлинского гарнизона СС – до 7 февраля 1941 г. Пост, который занял Брейтхаупт, был крайне важным в структуре СС – по должности он не подчинялся ни одному управлению СС, а исключительно рейхсфюреру, комендатура являлась самостоятельной структурой в Имперском руководстве СС. Таким образом, в подчинении Брейтхаупта оказались все части СС, дислоцированные в столице Третьего рейха. В этом качестве он являлся как бы своеобразным противовесом знаменитому командиру «Лейбштандарта» Зеппу Дитриху, который постоянно пытался дистанцироваться от Гиммлера и не упускал случая продемонстрировать свой исключительный статус. Столь высокое положение в структуре СС не замедлило ознаменоваться новыми повышениями по службе: 9 ноября 1938 г. Брейтхаупт был произведен в бригадефюреры СС. Параллельно с исполнениями своих основных обязанностей Брейтхаупт принимал участие в деятельности, которая позже привела его на пост начальника Главного управления суда СС. С 20 апреля 1937 г. он был помощником судья Большой третейской палаты при рейхсфюрере СС, а 20 апреля 1938 г. стал там же 3-м третейским судьей, кроме того, он был заседателем Верховного партийного суда НСДАП и Народной судебной палаты.
Не оставляя руководство берлинским гарнизоном СС, Брейтхаупт в начале Второй мировой войны некоторое время занимал командные посты в соединениях СС «Мертвая голова»: в ноябре – декабре 1939 г. он командовал 8-м, в июле – сентябре 1940 г. – 5-м полком этих соединений. В боевых операциях эти полки участия не принимали – первый размещался в Кракове, второй – в Австрии, а в задачи Брейтхаупта входила прежде всего организация боевой подготовки, призванной превратить охранников концлагерей в настоящих солдат боевых подразделений. 25 октября 1940 г. Францу Брейтхаупту было поручено исполнять обязанности полицей-президента Бреслау, 1 мая 1941 г. он был утвержден в должности и одновременно возглавил главный отдел криминальной полиции в Бреслау. Но Брейтхаупт не превратился в обычного руководящего чиновника полиции, рейхсфюрер СС не забыл своего сотрудника и 7 февраля 1941 г. вновь поручил ему командование гарнизоном СС в Большом Берлине, причем пост полицей-президента Брейтхаупт за собой сохранил. 15 августа 1941 г. Брейтхаупт был произведен в группенфюреры СС и генерал-лейтенанты войск СС, а 1 января 1942 г. оставил руководство берлинским гарнизоном и ненадолго вернулся к исполнению своих обязанностей в Бреслау. Наконец 18 августа 1942 г. Франц Брейтхаупт занял свой последний пост – начальника Главного управления суда СС. Свои последние звания – обергруппенфюрера СС и генерала войск СС – он получил 20 апреля 1944 г. Его деятельность была также отмечена, кроме ведомственных наград СС, Крестами за военные заслуги 2-го класса (1 мая 1942 г.) и 1-го класса с мечами (30 января 1943 г.).