Как бы то ни было, Бомгарду все же не удалось остаться в стороне от преступлений, совершаемых оккупационными властями (и, конечно же, отрядами полиции) на «восточных территориях». 1 октября 1942 г. Бомгард был направлен в Киев, чтобы принять от группенфюрера СС и генерал-лейтенанта полиции Отто Ёльхафена пост командующего Полицией порядка в имперском комиссариате Украина (в конце лета 1943 г. его официальная резиденция была переведена обратно в Ровно). Здесь Бомгард пробыл немногим более года. В его подчинении находились все полицейские подразделения на территории имперского комиссариата, включая и вспомогательные полицейские батальоны, которые играли одну из ведущих ролей в осуществлении нацистского террора против местного населения. По своей должности Бомгард являлся ближайшим помощником обергруппенфюрера СС Ганса Адольфа Прютцмана, однако в его компетенцию входило не столько руководство конкретными карательными операциями, сколько организация и администрирование, а также боевая подготовка и снабжение полицейских частей. Тем не менее было бы наивным полагать, что на этом посту Бомгард не имел отношения к преступлениям против мирного населения на оккупированной территории. Как бы то ни было, он являлся высшим комнадиром полиции на Украине и в том качестве несет полную ответственность за все действия своих подчиненных.
Когда в 1943 г. началась очередная чистка полиции и с командных должностей были изгнаны многие офицеры, не связанные со службой непосредственно в СС, Бомгард был отозван из Ровно и 1 ноября 1943 г. назначен инспектором полицейских училищ, через два месяца – 1 января 1944 г. – его статус был повышен, теперь его должность именовалась как генерал-инспектор полицейских учебных заведений. Таким образом, на последнем этапе существования Третьего рейха Бомгард уже не занимался «живой» работой (что впоследствии ему очень помогло), а лишь организацией и инспектированием полицейских школ и училищ. 1 февраля 1945 г. он оставил и этот пост и был зачислен в Личный штаб рейхсфюрера СС.
В отличие от многих своих сослуживцев, послевоенная судьба Бомгарда сложилась чрезвычайно благополучно. Его родная Бавария оказалась в американской зоне оккупации, а американцы особых претензий к генералу не имели. Для них он был сотрудником учебных заведений, а чем он занимался в далекой Украине американские власти не сильно волновало. А сам Бомгард довольно быстро стал проявлять активность, видимо, почувствовал свою безнаказанность (он действительно вскоре довольно спокойно прошел процесс денацификации в окружном городе Розенхейме). На Нюрнбергском процессе 26 августа 1946 г. были представлены показания Бомгарда, данные им под присягой, в которых содержались заведомо ложные сведения о том, что полицейские формирования никогда не принимали участие в совершении военных преступлений против мирного населения на оккупированных территориях. Позже он также неоднократно выступал в качестве эксперта на процессах против бывших полицейских, также упорно утверждая, что находившиеся за границей полицейские лишь охраняли общественный порядок да боролись с бандитами.
Борьбу за реабилитацию нацистской полиции Бомгард продолжил и в последующем, активно выступая за амнистию для нацистских преступников. В 1962 г. Бомгард возглавил немецкий отдел т. н. Зальцбургского кружка (