Некоторое время Помпей колебался, не зная, куда же ему плыть, где он может найти спасение. Появилась было мысль о бегстве в Парфию, где он мог бы не только обрести убежище, но и набрать новую армию, с которой и вернулся бы для отвоевания Рима. Но скоро сам Помпей отбросил эту мысль: в условиях, когда еще живы были воспоминания о разгроме римской армии при Каррах, когда в парфянском плену томились римские пленные, превращенные в рабов, и оставались знамена римских легионов, отдаться под власть парфянского царя, а тем более использовать парфян для вторжения на территорию Римской республики, означало полную дискредитацию и неминуемую политическую смерть. Можно было бы все же добраться до Африки, но это показалось слишком далеко и опасно. И Помпей по совету Феофана, не оставившего своего друга и покровителя в беде, решил направиться в Египет, рассчитывая, что юный царь Птолемей XIII примет его в память о своем отце, восстановленном на троне помпеянцем Габинием. И после недолгого пребывания на Кипре Помпей отплыл в Египет. Там он надеялся отсидеться некоторое время, собрать новые силы и продолжать борьбу.
Когда в Египте узнали о подходе корабля Помпея, то регент Потин, правивший вместо слишком юного Птолемея, созвал совет для решения вопроса о дальнейших действиях. Было совершенно ясно, что вслед за Помпеем явится Цезарь, а это никак не входило в планы египетского правительства. Поэтому было решено Помпея убить. Когда корабль Помпея прибыл в гавань Александрии, ему не было разрешено пристать к берегу, а Помпею было предложено переправиться на берег в простой лодке, где находились командующий египетской армией Ахилл со слугами и двое римлян, ранее служивших у Помпея. Помпей был вынужден согласиться. Но уже у самого берега бывшие воины Помпея и сам Ахилл пронзили Помпея мечами. Это произошло 28 сентября 48 г. до н. э., когда Гнею Помпею Великому только что исполнилось 58 лет.
Цезарь, узнав о бегстве Помпея в Египет, действительно незамедлительно прибыл туда. Ему была поднесена отрубленная голова Помпея. Но правители Египта обманулись в своих ожиданиях: они не только не получили награду за убийство Помпея, но и увидели, как Цезарь вмешался во внутреннюю борьбу в Египте и не на их стороне. А обезглавленное тело Помпея скромно сожгли его вольноотпущенник Филипп, находившийся вместе с ним в роковой лодке, и случайно оказавшийся в Египте бывший воин Помпея. Позже останки Помпея Корнелия похоронила в его Альбанском поместье.
Таков был конец Помпея. Его звезда ярко взошла в молодости, и он до конца в нее верил. В этой вере в свое счастье Помпей был не одинок. Хрестоматийным стал рассказ о Цезаре, заявившем испуганному лодочнику, перевозившему его во время бури, что тот везет Цезаря и его счастье. Но у Помпея эта вера переросла в самоуверенность. Будучи тридцати лет с небольшим, он одержал не одну блестящую победу. Он получил первый триумф в возрасте, в каком в Риме еще никогда не было триумфатора. Ему дали почетное прозвище Великий, и он сам уверовал в свое величие. Помпей считал, что вполне может достичь своих целей без особых усилий только благодаря своей славе и любви к нему римского общества. С этим связано, сколь бы парадоксальным это ни казалось, его неумение сделать последний и решительный шаг для достижения окончательного успеха.
Помпей не стал преследовать Митридата, когда тот бежал на Боспор, и предпочел заняться более легкими сирийскими делами. Это могло бы окончиться драматически: ведь тот планировал грандиозный поход на Италию, решив повторить знаменитый поход Ганнибала, только уже не с северо-запада, а с северо-востока, и у этого похода были шансы на успех. Только мятеж Фарнака спас Рим от исполнения этого замысла. Вернувшись в Италию, Помпей распустил свою армию, будучи уверенным в своем влиянии, но оказался перед сплоченным фронтом убежденных противников и яростных завистников, делавших все, чтобы ему помешать. Уже фактически разорвав с Цезарем и прекрасно понимая неизбежность вооруженной борьбы с ним, он почти ничего не сделал для реальной подготовки к этой борьбе, также уверенный в полной поддержке римлян и всех италиков, которые пойдут на войну по его первому призыву. После победы при
Диррахии Помпей остановился перед последним шагом, и это стоило ему окончательного поражения при Фарсале. Наконец, не произведя никакой разведки и не оценив изменения политической ситуации, он направился в Египет, уверенный в благодарном приеме со стороны того, чьего отца он облагодетельствовал, а это стоило ему уже не только положения и власти, но и жизни.