Согласно новому уставу, утвержденному Хаменеи, БРФ определялся как разветвленная сеть революционной обороны, призванная организовать и использовать «басиджи» в интересах режима. Таким образом, Басидж стал отвечать за защиту политиков, предотвращение угона самолетов и охрану таких важных мест, как здания штаб-квартир теле- и радиостанций. Впервые выражение «бекаргири», или «использование басиджей», вошло в Устав басиджей, а также стало одним из обязанностей Басиджа, помимо вербовки, обучения и организации населения. Кроме того, согласно ст. 7 Положения о функциях Басидж, охрана таких важных объектов, как телевизионные станции (за которые обычно отвечал КСИР), была возложена на БРФ. (Фактически с тех пор деятельность Басидж в основном была связана с обеспечением безопасности). В этот период также произошло расширение структуры Басидж. В каждой иранской провинции был создан район Басидж (manteqeh-e moqavemt), который контролировал всех членов Басидж в этой провинции. Были созданы новые штабы, в том числе по моральной полиции, гражданскому строительству и оперативным вопросам. Для социальной, экономической и академической поддержки басиджей были созданы новые институты – Колледж науки и техники Басидж, Центр изучения двадцатимиллионной армии, Кооперативный фонд Басидж (Bonyad-e Ta’avon-e Basij), предоставляющие такие услуги, как подготовка к экзаменам в вузы. Кроме того, Басидж начал создавать специальные отделения для отдельных слоев населения, такие как отделение Басидж для государственных служащих в 1990 г. (см. главу 4) и организация Басидж для учащихся начальных и средних школ в 1991 г. (см. главу 11).
ИРИ использовала ряд стратегий для поддержки членов Басидж. Одна из них, как отмечается в исследовании корпорации RAND, заключалась в «использовании басиджей для невоенных работ по восстановлению страны, [что] было особенно актуально во время первого пятилетнего плана развития администрации Рафсанджани». Для этих целей басиджи создали штаб гражданского строительства (Корб-е Наджаф-е Ашраф, или Корб-е Басидж), в котором басиджи использовались исключительно для реализации различных государственных проектов. Правительство также использовало силы Басидж в других программах, таких как национальная кампания по вакцинации младенцев от полиомиелита в 1993 году.
Помимо этих преобразований, одно из крупнейших структурных изменений в Басидж касалось его внутренней безопасности. В 1992—94 годах, во время второго срока Рафсанджани, в таких городах, как Казвин, Эсламшахр, Мешхед и Акбарабад, происходили социальные протесты, вызванные послевоенными мерами жесткой экономии. Столкнувшись с этими внутренними кризисами, ИРИ в 1994 г. приняла решение об увеличении бюджета Басидж, обновлении и модернизации техники сил сопротивления. Также было принято решение о расширении батальонов безопасности Басидж, которые отвечали за местную оборону, подавление городских восстаний и протестов, а также за внутреннюю безопасность ИРИ.
Эти решения вызвали резкое снижение авторитета Басидж в иранском общественном мнении. По данным опроса членов Басидж, проведенного в 1994 г, около 55 % басиджей считали, что их социальный престиж среди людей снизился по сравнению с военным периодом (1980—88 гг.), и только 38 % стремились представить себя в обществе как басиджей. Эти представления сочетались с убеждением, что идеологическая приверженность басиджей политическому режиму стала шаткой. Многие из них потеряли веру в политическое руководство после экономических и культурных изменений, произошедших при правлении Рафсанджани. В это время, по словам одного иранского ученого, революционные ценности, такие как приоритет бедных людей над богатыми, исчезли, а «ценности, основанные на материализме и богатстве, восторжествовали». Однако аятолла Хаменеи продолжал поддерживать Басидж. В 1995 г. во время «Недели Басидж» он высоко оценил это ополчение, заявив, что «Басидж – это суть функционирования исламского режима; чем сильнее станет Басидж, тем более безопасной будет наша страна в будущем».