История Новгородской Софии - впрочем, как и Софии Киевской - остается не до конца выясненной. Начали строить храм в 1045 году - эту дату согласно называют все летописи. Но что предшествовало строительству? Согласно позднейшей новгородской традиции, храм был возведен в честь «Победы» князя Владимира над греками в 1043 году131. Однако если судить по тексту древнейшей Новгородской Первой летописи старшего извода, дело обстояло иначе - под тем же 1045 годом здесь сообщается о пожаре, уничтожившем старый деревянный Софийский собор, построенный в Новгороде еще в конце Х века: «Сгорела Святая София в субботу, по заутрене, в час 3[-й], месяца марта в 15 [день]. В то же лето заложена бысть Святая София [в] Новегороде Володимиром князем»132. Надо думать, что гибель в огне старого кафедрального храма Новгорода и стала причиной строительства нового собора. Не в пример прежней деревянной церкви князь Владимир задума возвести в Новгороде собор из камня, самим своим посвящением и своими величественными формами подобный Константинопольском и Киевскому - и Ярослав вновь подержал сына в этом начинании. Новый храм должен был стать главным украшением и главной святыней северной столицы Руси* [* Правда, здесь надо сделать одну существенную оговорку. В младшем изводе Новгородской Первой летописи, а также в новгородско-софийских и следующих за ними летописных сводах события изложены иначе - о пожаре, уничтожившем старый Софийский собор сообшается под 1049 годом, то есть спустя четыре года после начала строительства нового каменного храма; к тому же оказывается, что новый собор строили совсем на другом месте - не на том, где стоял прежний: «Месяца марта в 4, в день субботний, сгоре Святая Софея; беаше же честно устроена и украшена, 13 верхы имущи, а т стояла Святая Софея конець Пискупле улице, идеже ныне поставил Сотке церковь камену святого Бориса и Глеба над Волховом»111. Однако, как показали исследования В. Л. Янина, указание на то, что прежняя деревянная церковь Святой Софии находилась на месте известной позднейшей церкви святых Бориса и Глеба, поставленной новгородцем Сотко (Садко) Сытиничем в 1167-1173 годах, то есть на весьма значительном удалении от каменного храма и, более того, в той части новгородского детинца, которая была включена в систему укреплений древнего Новгорода лишь в 1116 году, при князе Мстиславе Владимировиче, кажется совершенно невероятным: данное уточнение летописца X века представляется поэтому заведомо тенденциозным, имеющем целью подчеркнуть особое значение Борисоглебской церкви в то время, когда составлялась летопись134].
В лестничной башне Софийского собора исследователями была обнаружена древняя запись, прочерченная по цемяночной штукатурке: «Почали делати на святаго Костантина и Елены». Как полагают, запись эта имее: прямое отношение к началу строительства новгородского храма, который, возможно, был заложен 2 1 мая 1045 года, в день памяти святых и равноапостольных Константина и Елены135. Этот день часто выбирали для начала строительных работ - в том числе и в память о построении храма во имя Воскресения Господня, возведенного императором Константином Великим и его матерью над Гробом Господним в Иерусалиме.
Храм строили несколько лет. Как свидетельствуют позднейшие новгородские источники, все это время служба совершалась в церкви Иоакима и Анны, которая считается древнейшей церковью Новгорода136. Впоследствии алтарь этой церкви был перенесен в Софийский собор, и так в ней устроился придел во имя святых и праведных Иоакима и Анны. К числу же первоначальных приделов Софии относят приделы во имя Рождества Богородицы, Иоанна Предтечи и Иоанна Богослова.
Среди надписей-граффити на стенах Софийского собора обнаружены и такие, которые, по мнению исследователей, могли быть оставлены строителями, возводившими новгородский храм. В отличие от Киевской Софии, здесь нет греческих имен, только русские - Крол, Нежко, Ам, Петр (последний оставил не только свой автограф, но и рисунок-чертеж, изображающий в разрезе трехглавый храм с крестами на каждой главе; как полагают, на рисунке изображена Новгородская София с западного фасада, со стороны которого пятиглавый храм вместе с шестой главой, венчающей лестничную башню, в проекции кажется трехглавым)137.