Финансово-экономическое положение в Йемене ухудшилось. В 1992 г. в нескольких крупных городах страны имели место продовольственные бунты. Последовавшие затем события положили начало острому и затяжному внутриполитическому кризису. Толчком к его зарождению послужил переезд вице-президента Йемена ‘Али Салема ал-Бейда в Аден. Случилось это в августе 1993 г., после встречи в Вашингтоне с вице-президентом США Альбертом Гором. Прибыв из Вашингтона в Аден, ал-Бейд заявил, что не возвратится в Сана’а’ до тех пор, пока не будут принесены извинения его партии (Йеменской социалистической партии) и не будет устранена «дискриминация юга», политическая и экономическая. Действительно, в новом объединенном государстве политическая элита Южного Йемена была фактически оттеснена от власти: четыре пятых мест в Совете министров после выборов 1993 г. получили представители Севера. Формирование единой армии сопровождалось массовым увольнением на пенсию южнойеменских военных. Север забирал практически все доходы от нефти, большая часть которой добывалась на Юге.
Соглашение насчет принятия мер по урегулированию разногласий ‘Али Салем ал-Бейд и ‘Али ‘Абдалла Салех подписали (20 февраля 1994 г., на встрече в Аммане). Но вот устранить рельефно обозначившийся раскол между политическими элитами южан и северян не представлялось уже возможным. Южнойеменская элита взяла курс на «отпадание» от Йеменской Республики и образование собственного унитарного государства.
Острые политические разногласия вылились в гражданскую войну. Первое военное столкновение между сторонами произошло 27.04.1994 г., у города ‘Амран. Затем, в мае месяце, имели место бои между регулярными частями Севера и Юга в окрестностях Дамара. В начале мая 1994 г., в разгар боевых действий, ‘Али Салем ал-Бейд официально заявил о взятом южанами курсе на отделение и создание независимого государства.
5 мая президент ‘Али Салех ввел в стране чрезвычайное положение и объявил об отстранении ал-Бейда от занимаемой им должности. Деятельность Йеменской социалистической партии оказалась под запретом; ее членов не разрешалось принимать ни на госслужбу, ни в армию. Иными словами, ‘Али ‘Абдалла Салех провел полную чистку госструктур от южан.
В ответ на это, 21 мая 1994 г., ‘Али Салех ал-Бейд провозгласил создание на юге Демократической Республики Йемен.
‘Али Салех квалифицировал данное заявление и все связанные с ним действия ал-Бейда незаконными. Мобилизовал войска, и бросил их на Аден. Северяне вошли в столицу самопровозглашенной Демократической Республики Йемен 7 июля 1994 года. Гражданская война в Йемене закончилась поражением южан (27.04–07.07.1994). Руководство южан в лице лидеров Йеменской социалистической партии и их сторонники массово эмигрировали из страны. Бежали в основном в Султанат Оман. В ходе боев погибло семь тысяч человек; 16 тысяч получили ранения.
Следует отметить, что в войне 1994 г. Саудовская Аравия активно поддерживала южан. Клан ал-Ахмаров и руководимая им исламская партия «Ислах» заняли сторону А. Салеха, и серьезно помогли ему во время наступательной операции на Аден, предоставив в его распоряжение собранное ими и хорошо вооруженное ополчение племени
Финансово-экономическое положение страны было крайне тяжелым. По состоянию на 1995 г. общий долг Йемена (при численности населения в 16 млн. чел.) составлял 6,2 млрд. долл. США или 155 % валового национального продукта. В стране не хватало воды и электроэнергии. Нефтяная отрасль находилась в руках семейства ‘Али Салеха. Число безработных превышало 35 % от трудоспособного населения на севере страны и более 80 % – на юге. За чертой бедности после окончания гражданской войны оказалось более 45 % граждан.
23 сентября 1999 г. состоялись первые в стране прямые выборы главы государства. Первым всенародно избранным президентом Йемена стал ‘Али ‘Абдалла Салех (по одним сведениям, за него проголосовали 96,2 % избирателей, а по другим – он получил 93 % голосов). Еще одним кандидатом-претендентом на пост президента был Наджиб Кахтан аш-Ша’аби (выдвигался как независимый кандидат), сын Кахтана Мухаммада аш-Ша’аби, первого президента (1967–1969) Народной Республики Южного Йемена.
В конце 1990-х годов в Йемене начали закладываться ячейки «Аль-Каиды». Четвертой женой лидера этой организации, Усамы бен Ладана, предки которого являлись выходцами из Йемена, стала, к слову, 18-летняя йеменка. Свои ряды в Йемене «Аль-Каида», равно как и военизированные структуры целого ряда политико-религиозных течений (
12 октября 2000 г. двое смертников из «Аль-Каиды» с помощью лодки, нагруженной мешками с самодельной взрывчаткой, вывели из строя находившийся в порту Адена американский эсминец «Коул». Погибли 17 американских военнослужащих, еще 39 человек получили ранения.