Хименес ясно показал (как и в Гранаде, где он не испытывал угрызений совести, нарушив государственный договор), что истребление еретиков должно исключать такие понятия, как совесть и человеческие чувства. Должно быть, он понимал, что секретность суда является ужасной несправедливостью и варварской жестокостью, но тогда как же он мог на ней настаивать? Он был фанатиком веры и полагал, что если по ошибке пострадают от суда те, кто не были еретиками, то в этом нет ничего страшного: даже если они погибнут на костре, Бог знает, что они верные католики, и они взойдут на небеса и будут пребывать в раю.
Сам Хименес не боялся смерти и лишений, поэтому не сострадал другим.
В 1515 г. здоровье Фердинанда заметно ухудшилось. Он страдал сердечными болями и водянкой: Временами он не мог ходить и его переносили с места на место на носилках. Ему было шестьдесят три года, но он до сих пор еще ездил на охоту и перестал охотиться только тогда, когда понял, что тяжело болен.
В декабре он остановился у герцога де Альвы неподалеку от Пласенсии, затем поехал через Андалусию, ехал до тех пор, пока не почувствовал себя настолько плохо, что вынужден был остаться в деревне Мадригалехо неподалеку от Трухильо.
Фердинанд очень подозрительно относился к Адриану Утрехтскому, который был главным советчиком его внука Карла. Чувствуя, что ему осталось недолго жить, Фердинанд пытался найти человека, который бы защищал интересы Карла.
В королевстве были обеспокоены, что шестнадцатилетний Карл, наследник престола, уехал во Фландрию — заботиться о своей тетке Маргарет, сестре его отца Филиппа Красивого, которая была также вдовой его дяди инфанта Хуана.
Брат Карла Фердинанд был на три года моложе, и он был любимцем своего деда-короля. При этом достаточно понятно, что мальчик, тезка короля Фердинанда, воспринимался как испанец, тогда как Карл казался в Испании иностранцем.
Досадуя на то, что Фердинанд решил на пороге смерти не допускать его до дел, Адриан Утрехтский все же пришел к королю, когда тот был на смертном одре и врачи уже не скрывали от него правду.
Фердинанд составил завещание в 1512 г. и назначил молодого Фердинанда регентом Кастилии и Арагона в случае отсутствия его брата Карла. Он оставил также для своего любимого внука пост главы ордена Алькантара, Сантьяго и Калатрава.
Завещание было составлено на три года раньше, когда юному Фердинанду было всего тринадцать лет, и советники, на которых были возложены обязанности заниматься делами монарха, решили, что такое назначение невозможно. Мальчик тринадцати лет не мог принять регентство в Испании.
Они посоветовали Фердинанду назначить на этот пост Хименеса.
Фердинанд молча отвел глаза в сторону. Должно быть, его мучило сознание того, что человек незнатного происхождения, которого Изабелла предпочла его собственному сыну, станет третьим лицом в королевстве, хотя даже Мендоса не удостаивался такой чести. Фердинанд знал, что он умирает и что его любимый сын не справится с обязанностями, которые лягут на него. Но, имея достаточное представление о сильном характере Хименеса, он думал и о нуждах любимой страны. Поэтому он медленно кивнул и сказал, что они правы, так как Хименес — честный человек, не имеющий семьи, чтобы продвигать ее членов на высокие посты, и к тому же он благодарный человек и знает, что обязан своей счастливой судьбой королеве Изабелле, и потому будет действовать в интересах ее внуков.
Его советники уверяли также, что было бы неправильным отделять главенство над военными орденами от короны, и сказали, что Изабелла объединила эти функции ради большей выгоды страны.
Фердинанд плакал и шептал, что его внук Фердинанд в самом деле несчастлив, на что советники ответили, что он является братом Карла, которому предстоит стать королем, а может ли быть большая удача?!
В итоге право наследования было закреплено за Хуаной и ее наследниками, а Хименес стал регентом Кастилии до приезда Карла в Испанию. Фердинанд оставил управление Арагоном своему незаконному сыну, архиепископу Сарагосскому, о карьере которого он беспокоился и которому Изабелла не хотела оказывать благодеяний.
Фердинанд скончался утром 23 января 1516 г., и его похоронили в Альгамбре рядом с Изабеллой. По завершении строительства столичной церкви их прах был перенесен туда, а позже Карл воздвиг мавзолей из белого мрамора.
Хименес во второй раз стал регентом Кастилии. В начале своего регентства он имел оппозицию в лице Адриана Утрехтского, заявившего, что Карл намеревался назначить регентом именно его. Путь Хименеса был нелегким, и в конечном счете Адриан и Хименес поделили между собой регентство до дальнейших указаний Карла. Карл, без сомнения, понимал, что Хименес обладает выдающимися способностями, и очень скоро послал ему указания, в результате которых кардинал получил полноту власти. Но в то же время молодой принц очень ясно выказал и полное доверие Адриану. С тех пор Адриан желал поддерживать мир, Хименес позволил ему выполнять его функции, и оба они по-прежнему держали в своих руках регентское правление.