Александр Михайлович постоянно бывал на учебных судах, встречался с кадетами и гардемаринами и подолгу с ними беседовал. Он рассказывал им об условиях службы офицеров на боевых кораблях нового поколения, о важности знания материальной части кораблей, практики судовождения и основ морской тактики. Гардемарины на всю жизнь запомнили его советы об отношении морских офицеров к воинской дисциплине и профессиональным знаниям. Адмирал не уставал им повторять, что «кадет младших курсов еще можно перевоспитать, старшие же должны сами стремиться исправить свои ошибки, постоянно пополнять пробелы в своих знаниях, чтобы успеть приготовиться к завидной, но ответственной службе морского офицера».
А.М. Доможиров приказал командирам кораблей Учебного отряда Морского корпуса в течение всего периода плавания приучать воспитанников к несению вахтенной службы, выполняемой матросами, ибо они должны усвоить правило: надо сперва учиться подчиняться, чтобы потом командовать. При этом новый директор не искал дешевой популярности. Благодаря своему громадному опыту строевого офицера флота он всегда внушал к себе не страх, а глубокое уважение и доверие у преподавателей и учащихся.
Осенью кадеты и гардемарины почувствовали, что в корпусе вновь возрождается должный морской порядок. Руководство учебным заведением, офицеры-воспитатели и преподаватели стали более требовательными, а наказания за нарушения дисциплины – более строгими.
Александр Михайлович энергично принялся за пересмотр старых учебных программ, пытаясь привести их в соответствие с новыми требованиями службы на кораблях отечественного флота. За один лишь год директор немало сделал по принятию действенных мер укрепления дисциплины в военно-морском учебном заведении. К сожалению, тяжелая болезнь и смерть не позволили ему завершить начатые преобразования. В марте 1902 года батальон гардемаринов Морского кадетского корпуса провожал своего директора на кладбище Александро-Невской лавры. Позади батальона в четком строю шли две младшие кадетские роты.
Проходя по Невскому проспекту, воспитанники, сопровождавшие траурный картеж, заметили в окне Аничкова дворца царя Николая II и вдовствующую императрицу, печально взиравших на скорбную процессию.
Временно, до назначения нового директора, корпусом руководил начальник строевой и хозяйственной части генерал В.А. Давыдов, любимец воспитанников, добрейший Василий, как его в своей среде окрестили кадеты и гардемарины.
Преемник: контр-адмирала А М Доможирова, контр-адмирал Григорий Павлович Чухнин, окончил Морское училище в 1865 году. Командовал канонерской лодкой «Манджур», крейсером I ранга «Память Азова». В 1896 году, произведенный в чин контр-адмирала, он выполнял обязанности младшего флагмана эскадры Тихого океана.
Позже, назначенный командиром Владивостокского порта, реорганизовал и полностью переоборудовал эту важную стратегическую военную базу. При его энергичном участии были приняты действенные меры по расширению рабочих площадей судоремонтных мастерских и полностью обновлена их техническая база. Портовый сухой док Владивостока по распоряжению контр-адмирала Чухнина увеличили в размерах и приспособили для принятия всех типов боевых судов Тихоокеанской эскадры. В апреле 1901 года Григорий Павлович, назначенный младшим флагманом эскадры Тихого океана, получил поручение переправить в Кронштадт отряд кораблей (броненосцы «Сисой Великий» и «Наварин»; крейсеры I ранга «Владимир Мономах», «Дмитрий Донской» и «Адмирал Корнилов»), нуждавшихся в капитальном ремонте.
После вступления на пост директора Морского кадетского корпуса адмирал Чухнин в течение двух лет продолжал дело, начатое А.М. Доможировым. Однако, добившись значительных успехов в укреплении дисциплины, он не сумел достигнуть существенных сдвигов в постановке учебного дела. Превратное понимание новым директором современных требований к офицеру флота в конечном итоге сводилось к полумерам реорганизации учебно-воспитательной работы, мелочной опеке и жестким приемам укрепления порядка и дисциплины в морском учебном заведении.
Задолго до его прибытия в корпусе все уже знали о его новом назначении. Воспитанники и офицеры без энтузиазма восприняли эту весть. Адмирал имел репутацию образованного, но весьма «грозного» морского офицера. Руководствуясь слухами и непроверенными сведениями, воспитанники наперебой рассказывали друг другу, что новый директор беспощадно требователен к себе и своим подчиненным.
В корпусе пока все шло по-старому: занятия в классах, летние плавания на судах Учебного отряда и продолжение традиционной войны с начальством, в которой, по воспоминаниям выпускников, не содержалось ничего предосудительного, злого и нехорошего. Это был естественный протест молодости, ее задора и вольнолюбия против формализма и педантизма военных воспитателей.