С самим императором у патриарха происходили столкновения и притом довольно крупные. Иногда эти столкновения, по–видимому, не имеют для себя никакой сколько‑нибудь твердой почвы и проистекают из желания патриарха не делать того, чего желает царь. Так император Андроник, объявив сына своего Михаила соправителем, пожелал, чтобы патриарх и синод издали определение, направлявшееся против возможных врагов царской власти самого Андроника и сына его Михаила. Синод, руководимый патриархом, отказал императору в этой просьбе, по–видимому, не заключавшей в себе ничего несообразного с законами.[591]
Другой случай столкновения патриарха с императором возник из‑за того, что Иоанн никак не хотел допустить брака дочери императора Андроника с королем сербским.[592] Правда, этот брак представлялся ненатуральным. Сербский король был уже почтенных лет, а дочь Андроника (Симонида) была малолетняя; вообще же брак этот имел политические цели.[593] Конечно, было бы поступком, достойным патриарха, если бы он старался разъяснить императору, что не следовало бы отдавать мололетнюю девицу за пожилого человека, что не следовало бы такую священную вещь, как брак, делать средством к достижению мирских и политических расчетов. Но патриарх не об этом печалится. Он всячески старался расторгнуть этот брак, ссылаясь на различного рода канонические препятствия, которые он усматривал в истории жизни сербского короля. Очевидно, патриархом руководят не чувства гуманности и не представление о браке как святыне, а желание во что бы то ни стало Досадить царю по поводу брака, которого так домогался Андроник. Что не одно желание охранять церковные каноны побуждало патриарха подвергать порицанию вышеупомянутый брак — это видно из того, что во время беседы царя с патриархом по поводу этого вопроса, Иоанн счел уместным упрекать Андроника в различного рода беспорядках государственных, им допускаемых и терпимых. Рассказывая эту историю, мы не думаем обелять царя и, с другой стороны, очернять патриарха. Для нас достаточно констатировать тот факт, что патриарх своим образом действования раздражал Андроника.[594]Все вышеупомянутые факты дают видеть, что Иоанн не оправдал ожиданий, возлагаемых на него царем и духовенством. Патриарх со всеми разошелся. Вследствие чего у императора явилось настойчивое намерение лишить его патриаршей кафедры, чего Андроник наконец и добился. Иоанн оставил кафедру сильно разгневанный, так что выехал из столицы, не простившись с царем. Остаток дней своих экс–патриарх провел на родине в Созополе, жалуясь на несправедливость царя и злобу врагов.[595]