Роль секретаря Совета безопасности Сергея Иванова не сводилась к комментированию «дела Бабицкого». Вероятно, его действия если были, то остались вне внимания журналистов. Тем не менее, 19 февраля выступая на пресс-конференции в российском посольстве в Вашингтоне во время рабочего визита по приглашению помощника президента США по национальной безопасности Сэмюела Бергера, Иванов заявил: «Я хочу заверить, что мы сделаем все, чтобы освободить Бабицкого, судьба любого российского гражданина нам не безразлична, будь то военный, журналист или кто-то другой». Иванов проинформировал, что в ходе состоявшихся встреч американские представители задавали ему вопрос о судьбе сотрудника РС. «Данный случай, — отметил секретарь Совета безопасности РФ, — необычен тем, что Бабицкий действительно совершенно добровольно написал заявление с просьбой о своем обмене» на захваченных чеченцами российских военнослужащих. Журналист, по словам Иванова, жив и по-прежнему находится у боевиков. Российские спецслужбы, сообщил он, «знают его примерное месторасположение по тем, уже достаточно малочисленным, отрядам бандитов, которые остались в Чечне». «Я понимаю, что он ваш коллега, — сказал Иванов, обращаясь к журналистам. — С другой стороны, случаи обменов российских граждан на российских же граждан уже превышают тысячу, а чеченцы — это тоже граждане России».
Николай Патрушев, директор Федеральной службы безопасности РФ
Директор ФСБ Николай Патрушев особо не утруждал себя комментариями по делу Бабицкого: для этого был Сергей Ястржембский и Александр Зданович. Редкие сообщения, со ссылкой на Патрушева, приходили 7 февраля, когда он заявил, что «корреспондент радиостанции «Свобода» Андрей Бабицкий жив». Говоря о местонахождении журналиста, Николай Патрушев сказал: «Я не знаю, где он находится, это не наше дело». Патрушев отметил, что «ФСБ не занималась» вопросом обмена Бабицкого на плененных чеченскими террористами российских военнослужащих. Хотя позднее его подчиненный Александр Зданович сознался в том, что съемку «обмена» проводили «случайно» сотрудники ФСБ.
Второй раз государственное агентство ИТАР-ТАСС передало слова главы ФСБ о том, что его ведомство «не обладает данными о том, что корреспондент Радио «Свобода» Андрей Бабицкий, который был обменян на нескольких военнослужащих федеральных сил, в настоящее время находится за пределами России». «Вчера мы получили информацию о том, что Андрей Бабицкий собрался лететь из Стамбула в Варшаву или Минск, — сказал Патрушев, — однако эти сведения не подтвердились».
Александр Зданович, начальник Управления программ содействия ФСБ РФ
3 февраля, после «обмена», начальник Управления программ содействия ФСБ РФ генерал Зданович заявил: «У Бабицкого имелся «мандат», подписанный десятью полевыми командирами». Но как это принято у чекистов, необходим был повод для того, чтобы ложь выглядела правдой. В тот же день Зданович излагает следующее: «Федеральная служба безопасности России располагает информацией как о попытках оказания нажима со стороны боевиков на отдельных журналистов, пишущих о событиях в Чечне, так и о «поощрении» благосклонных к боевикам журналистов».
По словам Здановича, первоначально ФСБ не собиралась обнародовать эти факты до завершения проверки сведений об использовании некоторыми СМИ средств, собранных в ряде мусульманских стран для оказания гуманитарной помощи населению Чечни, на кампанию по дискредитации антитеррористической операции федеральных сил в Чечне. Однако это было сделано после того, как депутат Госдумы Александров направил на этот счет в ФСБ официальный депутатский запрос.
4 февраля Зданович заявляет, что ФСБ не имела отношения к обмену Бабицкого. Отвечая на вопросы телекомпании НТВ после того, как телекомпания показала съемку ФСБ об освобождении Бабицкого (на пленке, правда, опознать журналиста довольно сложно). В ответ на недоуменные вопросы, что должен означать обмен российского гражданина на российских же пленных, Зданович заявил, что ФСБ к этому отношения не имела, и почему-то сказал: «Очевидно, кто-то вспомнил те времена, когда КГБ работал против радиостанции «Свобода». После этого Зданович, скомкав неприятную тему обмена журналиста, обратился кувлекательному сюжету о полутора миллиардах долларов, предназначенных для подкупа российских СМИ. А потом заявил, что в США довольно сложно работать информационным структурам, не разделяющим внешнеполитическую линию Госдепартамента.