Наряду с политическими ограничениями белорусская шляхта почувствовала и экономические ограничения. Она не могла получать земли в тех регионах, что были присоединены к Польше. Польская же шляхта стала активно пользоваться правом приобретения имений в княжестве. Все это явилось основой сепаратистских и даже антипольских настроений в Беларуси в 70 – 90 гг. XVI в. Было немало сторонников разрыва союза с Польшей, которые вели борьбу за независимость своего государства. В этот период регулярно созывало свои сеймы ВКЛ. В 1581 г. была создан высшая инстанция – Трибунал, а принятие в 1588 г. своего свода законов – Статута – по существу сводило на нет некоторые положения Люблинской унии.
В 1572 г. умер Сигизмунд II Август, последний Польский Король и Великий князь Литовский из династии Ягеллонов, занимавший трон по праву наследования. После него короли стали избираться сеймом, что часто приводило к так называемым бескоролевьям, которые тянулись от смерти одного монарха до избрания другого. После очередного бескоролевья на престол был избран Стефан Баторий (1576 – 1586 гг.). В 1579 г. войска Речи Посполитой под руководством Стефана Батория взяли Полоцк, Велиж, Усвяты и Великие Луки, в 1582 г. начали осаждать Псков, но занять его не удалось. В 1582 г. Ливонская война завершилась Ям-Запольским миром, по которому к Речи Посполитой перешла вся Ливония, Полоцк и Велиж.
В конце XVI – первой четверти XVII в. В правящих кругах Речи Посполитой была популярной идея присоединения к ней Московского княжества. Ее поддерживали и великокняжеские политики, рассчитывавшие, что в новом огромном евроазиатском государственном образовании княжеству будет принадлежать лидирующая роль. От дипломатических способов осуществления этой идеи – выдвижения на трон речи Посполитой кандидатуры Ивана IV и его сына Федора в 1573 и 1587 гг. – перешли к военным походам Лжедмитриев на восток в 1604 и 1607 гг. В военную компанию 1609 г. войско Речи Посполитой вернуло в состав княжества Смоленск, а в 1610 – 1612 гг. овладело самой Москвой, но было изгнано народным ополчением под руководством Д. Пожарского и К. Минина. В войне 1633 – 1634 гг. Россия попыталась взять реванш за Смоленск, но потерпела неудачу, и Полянский мир покинул границы прежними. Тем не менее, в конце XVI – первой половине XVII в. доминирующая роль в Восточной Европе перешла от Великого княжества Литовского, а затем Речи Посполитой, к их сопернику – Московскому государству.
Церковь и религия в Беларуси в XVI в
К концу XII в. в Европе сложились две большие религиозные зоны: восточная, православно-византийская и западная, римско-католическая. Граница между ними проходила по Западному Бугу. Беларусь стала местом встречи и взаимодействия этих религий, что определило уникальное историческое положение ее в Европе, обусловило индивидуальность ее культуры и конфессиональную особенность, наложило особый отпечаток на менталитет белорусского народа.
До XIV в. в Беларуси нераздельно господствовала православная церковь. Кревская уния эту монополию нарушила. Католическая вера стала вероисповеданием руководящих кругов государства. Ягайло обязал окатоличить все население Литвы. Через полтора года после Кревской унии было создано Виленское католическое епископство, которому Великие Литовские князья пожертвовали огромные земельные владения. Важную роль в распространении католической веры играли монашеские ордена францисканцев, августинов, бернардинцев и др. К середине XVI в. католическая церковь укрепилась в Литве и пограничных с ней районах северо-западных белорусских земель. Несмотря на то, что позиции православия все более потеснялись, оно по-прежнему задавало тон в духовной жизни общества.
В XVI в. христианство постиг кризис: в католицизме он проявился Реформацией, а в православии – ересями. С 50-х гг. XVI в. идеи протестантизма стали распространяться в Великом княжестве Литовском. Основным направлением реформации в Беларуси стал кальвинизм. Его социальной основой была феодальная знать, часть средней и мелкой шляхты. Среди простого народа идеи западноевропейской Реформации не получили сколько-нибудь широкого распространения.
Первую реформаторскую общину создал в Бресте магнат Николай Радзивилл Черный. Затем такие общины были созданы в Несвеже, Клецке, Заславле, Минске, Витебске, Полоцке и других городах и местечках. В XVI – первой половине XVII вв. на территории Беларуси было создано восемьдесят пять кальвинистских и семь арианских общин.
В 60-е гг. из кальвинизма выделилось радикальное течение – антитринитаризм, которое требовало социальных преобразований, осуждало крепостничество. Наиболее известными деятелями антитринитаризма были Сымон Будный, Якуб Калиновка, Павел из Визны, Петр Ганенза.