В 30-40-е годы XIX в. голландский врач и химик Г.Я. Мульдер предпринял первую попытку расшифровать химическое строение белковых веществ. Созданная им «теория протеина» была с энтузиазмом встречена физиологами, так как позволяла представить не только конституцию белковых веществ и их производных, но и приблизительную картину их образования и распада, а следовательно, химизм основных процессов обмена веществ. Например, процессы, происходящие в организме при дыхании, после А. Лавуазье описываемые суммарными результатами, стало возможным представить в виде химической реакции образования окислов протеина. Однако вскоре работами Ю. Либиха и его ученика, молодого русского химика Н. Лясковского, было показано, что предложенные Мульдером формулы не соответствуют данным анализа, и теория протеина, несмотря на ее поддержку Я. Берцелиусом, была оставлена.
Уже в первой половине XIX в. возникла тенденция использовать методы химии и физики для изучения не только состава тел, но и протекающих в них физиологических процессов. К этому побуждали интересы медицины и сельскохозяйственной практики. После работ Г. Деви (1813) и Ю. Либиха (1840, 1842) все большее число ученых стало склоняться к мысли о познаваемости жизненных процессов на основе законов химии и физики. Наиболее прозорливые физиологи подчеркивали необходимость изучения химической сущности таких важнейших процессов, как пищеварение и дыхание. При этом надежды, связываемые с физиолого-химическими исследованиями, даже несколько преувеличивались. Так, весьма распространенным было мнение, что химические процессы в организме абсолютно идентичны химическим процессам вне его. В 1875 г. К. Бернар писал: «Дыхательные явления принимались за тип чисто химических»[53]. Подобная переоценка, так же как и распространение виталистических взглядов, определялась многими причинами. Одной из них были недостаточные знания о катализе и, в частности, о биологических катализаторах — ферментах, хотя ферментативное (амилазное) действие было открыто уже в 1814 г. петербургским академиком К. Кирхгофом. Существование ферментов стало бесспорным после работ А. Пайена и Ж. Персо (1833), Ж. Форе (1835), Т. Шванна (1856) и А. Корвизара (1856), выделивших амилазу, синигриназу, пепсин и трипсин.
Но дальше нескольких робких и малоудачных попыток общего химического обоснования важнейших жизненных процессов в 40-60-х годах XIX в. биохимия не пошла.