Как часто бывает, победа привела к разладу, который возник между Парламентом, армией и шотландцами. Разногласия касались вопроса об управлении церковью, особенно о введении пресвитерианской системы, на котором настаивали шотландцы и против которого выступали многие члены английского Парламента, а также о переговорах с Карлом I, которого шотландцы передали англичанам, когда покинули Англию в 1647 г. Радикальных политических и социальных преобразований требовали левеллеры, пользовавшиеся значительной поддержкой в армии, которая стала принимать все более активное участие в политической жизни, поскольку была недовольна отношением к ней Парламента и невыплатой задолженностей по жалованию. Карл был захвачен в плен в 1647 г., но отверг предложенные Кромвелем условия. Кромвель, разочаровавшийся как в пресвитерианах-парламентариях, так и в левеллерах, поднявших мятеж в армии, который он был вынужден подавить, сыграл ключевую роль в завершении Второй гражданской войны (1648 г.). Она разгорелась в результате роялистских восстаний и вторжения шотландцев, которым Карл взамен пообещал ввести пресвитерианскую систему. Восстания были подавлены. Кромвель двинулся в южный Уэльс и разгромил противников при Сент-Фейгенсе. Ферфакс отправился в Кент и в июне сломил сопротивление роялистов. После этого роялисты сосредоточили свои силы в Колчестере, выдержали натиск Ферфакса и стали дожидаться вестей от шотландцев. Приняв капитуляцию Пемброка (11 июля), Кромвель выступил против шотландцев, которые под началом герцога Гамильтона 8 июля вошли в Камберленд и двинулись на юг. Кромвель отправился в Йоркшир и решил напасть с фланга на противника, наступавшего на Престон. Гамильтон пренебрег предостережениями роялиста сэра Мармадьюка Лангдейла, и его армия оказалась не готова к нападению, когда Кромвель 17 августа заставил солдат Лангдейла отступить и занял Престон. Шотландцы сдались.
Полная решимости поставить точку в деле Карла I и, благодаря религиозному пылу, не устрашенная необходимостью противостоять помазаннику Божьему, армия 6 декабря 1648 г. провела чистку Парламента (чистка Прайда). Оставшаяся часть — «Охвостье» — назначила суд, перед которым Карл должен был предстать по обвинению в измене народу. Парламент утверждал, что Карл дал слово чести более не поднимать оружия и нарушил его, побудив своих сторонников начать Вторую гражданскую войну. Карл отказался от защиты, заявив, что подданные не имеют права судить короля и что он всегда стоял за народные вольности. Он был признан виновным и казнен 30 января 1649 в центре королевской власти — у Пиршественного зала в Уайтхолле.
Республика
Судебный процесс и публичная казнь Карла I нисколько не похожи на убийства средневековых королей. Англия была провозглашена республикой, а палата лордов была отменена. Феодальные повинности были объявлены недействительными еще в 1645 г. Однако республиканскому режиму в Англии пришлось столкнуться с иным государственным строем в Шотландии и Ирландии, так что он не мог чувствовать себя в безопасности, пока иные формы правления на территории Британских островов не будут низвергнуты. Продемонстрировав небывалую военную мощь, республиканские войска завоевали Шотландию, добившись успеха, которого не достигали английские монархи, и Ирландию, а также оставшиеся роялистские базы на Нормандских островах в Ла-Манше, на острове Силли и на острове Мэн. После этого Англия, Шотландия и Ирландия управлялись единым правительством до 1922 г., когда Британское государство потеряло большую часть Ирландии. Кратковременные конфликты — между Англией и Ирландией в 1689 г. или между Англией и Шотландией в 1745 г. — рассматривались обеими сторонами как эпизоды. Таким образом, вне зависимости от точных конституционных взаимоотношений, Англия, Ирландия и Шотландия превратились в нераздельную единицу на политической карте.
Завоевание Ирландии Кромвелем, 1649-1652 гг.