В 1617–1621 годах Кун организовал захват почти всех островов архипелага. Население там безжалостно уничтожалось — особенно отличились японские наемники, изощрявшиеся в казнях и пытках. Далее последовала высадка на Рун, но англичане сумели хорошо укрепить форт, поэтому голландцы ограничились тем, что под корень вырубили и сожгли все мускатные деревья, а также уничтожили все посевы черного и белого перца. Такие вылазки делались регулярно, и англичане в конце концов были вынуждены уйти с Руна. Голландская ОИК стала монополистом по поставке мускатного ореха и перца в Европу. Свои действия перед акционерами ОИК Кун оправдал просто:
«Может быть я напыщенный, самовлюбленный дурак. И возможно, если бы такие же дураки, на которых вы жалуетесь, сидели во Франции, в Голландии, в Дании и Швеции, я бы просто сказал: „А разве они могут себя вести по-другому?“. Но именно потому, что люди, на которых направлено ваше обвинение — мужчины моей нации, моей расы, я с гордостью говорю: „Молодцы, парни!“».
В 1618 году Кун атаковал английскую факторию в Джакарте, где были крупнейшие склады специй. В 1619 году англичане были обложены с суши и моря, далее последовала атака, и Джакарта пала. По традиции, пленных отдали японским наемникам, чтобы парни повеселились. Город Джакарта был переименован в Батавию и стал штаб-квартирой генерал-губернатора голландской ОИК в регионе.
Здесь же стоит сказать и об Амбойнской резне, которая произошла уже во времена следующего генерал-губернатора Батавии, Питера де Карпентье. Она была образчиком поведения в колониях того времени, а потом влияла на взаимоотношения Англии и Голландии добрые полвека. Началось все с того, что британцы в 1618 году захватили голландский корабль «
К 1622 году (Кун к тому времени вернулся в Голландию, на его место прибыл Карпентье) в Амбойне сложилась интересная ситуация — там был голландский форт Виктория, но существовала и английская торговая фактория. В конце года султан Терната больше склонялся к тому, чтобы отдать предпочтение англичанам перед голландцами, и голландский губернатор Херман ван Спелт решил действовать. Скорее всего, британцы тоже не оставались в стороне, но реальное положение дел неизвестно.
Недалеко от голландского форта был пойман японский ронин, который под пытками сознался, что вместе со своими товарищами нанят неизвестными для захвата форта и убийства голландского губернатора. Голландцы схватили еще нескольких японцев, и тут прозвучало имя главы английской торговой фактории Гэбриэла Тауэрсона. Доподлинно неизвестно, существовал ли какой-то заговор англичан против голландцев или голландские товарищи сами упорно подводили пытаемых японцев к подобному признанию, но далее были схвачены все служащие британской фактории. К некоторым из них была применена знаменитая пытка водой (человека кладут на спину, связывают, наклоняют ему голову и поливают водой область рта и дыхательных путей — жертве кажется, что она тонет). Согласно отчетным документам, большинство обвиняемых признали себя виновными как под пытками, так и без.
При этом англичан с соседних островов не трогали — голландский суд признал, что у них есть алиби. В конце концов часть захваченных осудили. 9 марта 1623 года десятерым англичанам, девяти японцам и одному португальцу отрубили головы. Еще два японца и четыре англичанина были освобождены. Голову Тауэрсона водрузили на высокий шест перед фортом Виктория.