В борьбе с сильным союзом халкидских городов во главе с Олинфом Филипп ценой некоторых уступок заручился поддержкой Афин, Добившись своих целей, Филипп II вскоре переменил свою политику: он осадил важный в стратегическом отношении город Амфиполь, на который претендовали Афины, и вскоре захватил его, опираясь на этот раз на союз с Олинфом. В середине 50–х годов IV в. до н. э. Филипп стал продвигаться на восток вдоль фракийского побережья Эгейского моря. Он захватил богатый район знаменитых Пангейских рудников и основал здесь город Филиппы, господствующий над округой. Активное проникновение Македонии на Халкидику и в приморские области Фракии заставило объединиться фракийских царей, Халкидский союз во главе с Олинфом и Афины. Однако Афины, занятые войной со своими союзниками, особой помощи оказать не могли, а войска фракийцев были разбиты македонянами. К концу 50–х годов IV в. до н. э. Халкидский союз был изолирован и уже не представлял серьезной опасности для Македонии, часть его земель была захвачена Филиппом.
Укрепив северные границы и позиции на Халкидике, Филипп начинает новый этап своей завоевательной политики, начав вмешательство в дела Средней Греции. Он ловко использовал запутанную политическую ситуацию, сложившуюся в греческом мире в середине IV в. до н. э., связанную с кризисом системы полисных отношений: существующие союзы греческих городов распадаются, города ведут бесконечные войны, которые ослабляют все воюющие стороны. Одной из таких войн, вспыхнувших по ничтожному поводу и постепенно вовлекших в свою орбиту множество греческих городов, была Священная война (355–346 гг. до н. э.). Поводом для открытия военных действий был захват фокидянами небольшого пограничного участка, принадлежащего дельфийскому храму Аполлона. Фокидяне были обвинены в святотатстве, на защиту общегреческой святыни выступили Фивы. Фокидяне, в свою очередь, предъявили права на руководство святилищем Аполлона, внезапно напали на Дельфы и захватили огромные сокровища, накопленные в храме за несколько сотен лет, достигающие огромной суммы — 10 тыс. талантов золота и серебра. На эти деньги фокидский стратег Филомел навербовал наемную армию в 20 тыс. гоплитов, чтобы защищать свои права на Дельфы. Местный конфликт в нервозной обстановке середины IV в. до н. э. вскоре вылился в общегреческую войну. На сторону Фив встали некоторые города Фессалии, Локриды. Фокидян поддержали Спарта и Афины. Военные действия велись главным образом наемниками и вылились в многочисленные небольшие столкновения в разных местах Средней Греции. Во время военных действий воюющие стороны искали для себя союзников, и это создавало благоприятные возможности для Филиппа вмешаться в греческие дела. Тщательно взвесив все обстоятельства, Филипп II решил принять сторону защитников общегреческой святыни Аполлона. Против такого неожиданного для греков вмешательства македонского царя трудно было возражать, и Филипп получил известную свободу действий. Македонский царь ввел свою армию в Фессалию и начал захватывать фессалийские города, поддерживающие фокидян. В 352 г. до н. э. Филипп наголову разбил армию фокидян, действующую в Фессалии. Демонстрируя свою любовь к богу Аполлону, защитником которого изображал себя Филипп, он приказал утопить в море 3 тыс. пленных фокидян, а тело их командующего с позором распять на кресте.
Эта победа укрепила авторитет македонского царя как защитника храма Аполлона и оправдывала его вмешательство в общегреческие дела. Фессалия была вынуждена признать верховенство Филиппа, он был объявлен предводителем общефессалийского ополчения и получил право поставить македонские гарнизоны в стратегически важных городах Фессалии. Стремительный рост популярности Филиппа в Греции и его активное вмешательство в ее дела стали вызывать обоснованную тревогу у Афин. Стремясь преградить путь македонской армии в Среднюю Грецию, афиняне заняли Фермопильский проход и блокировали Филиппа в Фессалии. Потерпев неудачу в попытке проникнуть в Среднюю Грецию, Филипп вновь обратился к завоеваниям на Халкидике и в Южной Фракии. После тщательной подготовки он неожиданно напал на центр Халкидской лиги — город Олинф. Афиняне сделали попытку помочь Олинфу и отправили на помощь осажденному городу 17 триер, 300 всадников и 4 тыс. гоплитов. Однако Филиппу удалось захватить город до того, как эта помощь подошла. Один из крупнейших греческих городов Олинф был полностью разрушен и покинут жителями (348 г. до н. э.). Халкидская лига была распущена, а сама Халкидика признала власть македонского царя.