Восстание расширялось. Дарий отправил хитроумного Гистиея на побережье, где его уловки не обманули Артаферна, и приготовил три армии под командованием Дориса, Гимея и Артибия. Тем временем афиняне отозвали свой флот, и Эретрия, вероятно, последовала их примеру. Ионийцы не сумели ни объединить союзников, ни воспользоваться инициативой на море; например, они не пытались сделать Кипр своей передовой базой, чтобы помешать финикийскому флоту войти в Эгейское море. В начале лета 497 г. Дорис и Гимей захватили и разграбили некоторые ионийские города на азиатском побережье. В середине лета армия Артибия и финикийский флот предприняли наступление на Кипр. Здесь их уже поджидал ионийский флот, но он не сумел предотвратить переход врага от Киликии к северному Кипру. Персидская армия напала на Саламин, а финикийский флот, обогнув северо-восточный выступ острова, помог ей. Греки сражались и на суше, и на море. Финикийский флот был побежден, но и кипрская армия оказалась разбита, когда курионское войско и саламинские колесницы перешли на сторону персов. Поражение Кипра стало неизбежно; в начале 496 г. Соли, последняя крепость, капитулировала на пятом месяце осады.
Одновременно с действиями Артибия на Кипре Дорис начал покорение греческих полисов на азиатском побережье Геллеспонта, а Гимей захватил Кий на Пропонтиде. К осени 497 г. Дорис прошел на юг до Карии и разгромил карийцев в двух битвах; во второй участвовали и ионийцы, понеся тяжелые потери. На Геллеспонте Гимей занял район, оставленный Дорисом, и покорил народы Троады. В 496 г. кольцо вокруг ионийского побережья замкнулось: армия, действовавшая из Троады, захватила Киму и Клазомены; но в этот момент карийцы заманили в ловушку армию Дориса во время ночного перехода и уничтожили ее. После этого персидское наступление обратилось на юг, и ионийцы получили передышку. Аристагор, предвидя вероятное поражение восстания, отплыл во Фракию, где был убит около Миркина. Гистией тем временем сбежал от Артаферна. Он тщетно пытался получить командование над милетскими силами, а затем с восемью лесбосскими триремами занялся пиратством в Геллеспонте. Здесь обосновался еще один авантюрист: в 496 г. Мильтиад III, сын Кимона, снова стал тираном Херсонеса.
Для финальной фазы операций в Малой Азии персы привлекли флот из Финикии, Кипра и Египта и начали наступление на Милет, главу восстания. Узнав о персидских приготовлениях, ионийские полисы отправили депутатов (probouloi) на совещание, состоявшееся в Панионии.
Они решили не выставлять армий, а вместо этого поручить оборону Милета его гарнизону и, набрав как можно больше кораблей, расположить флот у Милета рядом с островом Лада. Объединенный флот девяти ионийских государств насчитывал 353 триремы, по большей части предоставленные Хиосом, Милетом, Лесбосом и Самосом. Персидский флот обладал количественным превосходством, но был более разнородным; персидская армия, собравшаяся на милетском побережье, обеспечила ему безопасную стоянку. Пока накапливались силы, персидское командование разослало по ионийским государствам греков-эмигрантов, обещая полное прощение в случае капитуляции, а в случае дальнейшего сопротивления угрожая порабощением и депортацией. Но ионийцы не сдавались. Командование над флотом было поручено фокейцу Дионисию. Он безжаалостно муштровал моряков под жарким солнцем, обучая флот маневрам, подходящим для таранной тактики. Через неделю моряки отказались подчиняться приказам, и по союзному флоту распространилось недовольство. Вскоре после этого персы атаковали. Пока ионийский флот выстраивался в боевые линии, большинство самосских кораблей подняли паруса и бежали; их примеру последовали лесбосские и прочие. Оставшиеся, особенно сотня кораблей с Хиоса, сражались доблестно, но тщетно. Потеряв половину своих судов, хиосцы рассеялись. Дионисий, захватив три вражеских корабля, отправился в финикийские воды, потопил немало торговых кораблей, после чего отплыл на Сицилию. Битва при Ладе, происшедшая летом 495 г., означала конец Ионийского восстания. Милет, блокированный в 494 г., пал после недолгой осады, а карийские города были либо взяты штурмом, либо сдались после переговоров. К лету 493 г. были покорены все греческие города на азиатском побережье к югу от Геллеспонта. Гистией после неудачного нападения на Тасос был захвачен в ходе набега на персидскую територию. Артаферн посадил вдохновителя восстания на кол, а его голову отослал Дарию.
2. Последствия восстания