Хотя Клисфен при вопросе об удалении Адраста получил от Дельфийского оракула самый неприятный ответ, однако он после оказал ему важную слугу, конечно, только из собственного интереса. Дельфы, священное место оракула Аполлона, представляли жреческое государство; его свобода и независимость обеспечивались не столько собственной силой, сколько его святостью и покровительством других греческих государств; его процветание и благосостояние основывались преимущественно на свободе и безопасности путей, по которым почитатели и вопросители Аполлона отправлялись к нему со всех стран Греции, сушей и водой. Между тем древний торговый город Криса, у Крисейского залива, с его гаванью Киррой, откуда пробирались в Дельфы через долину Плиста, завидуя богатым и гордым Дельфам, обложил пошлиной гавань и дорогу, чтобы обирать таким образов многочисленных богомольцев. Это было безбожное нарушение мира, установленного для дорог в Дельфы, которое не должно было оставаться без наказания. Прежде, когда дорическое племя жило еще у Парнаса, близ Дельф, оно преимущественно и заботилось об охранении этого священного места; но с тех пор как оно поселилось в Пелопоннесе, разделенное на различные государства, Спарта, правда, поддерживала свои связи с Дельфийским святилищем, но по отдаленности своего положения это племя не могло уже энергично защищать его. Клисфен воспользовался этим случаем, чтобы доставить ионическому племени, к которому принадлежали и сикионцы, честь покровительства над народным святилищем греков, чтобы возвысить, таким образом, блеск и могущество Сикиона.
Он соединился с ионическими Афинами, делами которого управлял тогда дальновидный Солон, и вместе с Солоном получил в совете амфиктионов – собрании представителей греческих народов, соединившихся для защиты Дельфийского святилища – втайне наказать вооруженной силой крисеян и кирреян.
Эта так называемая первая священная война предпринята была Афинами и Сикионом, к которым присоединились и фессалийцы, под начальством Скопада Эврилоха. Клисфен разделял с Эврилохом главное начальство в этой войне. Криса была побеждена, но какая участь ее постигла – неизвестно. Кирра с ее высокими обводными стенами оказывала продолжительное, упорное сопротивление. Но Клисфен со своим флотом отрезал ей сообщение с морем, и, наконец, после многолетней войны, победил этот город. Это случилось на третьем году 47-й Олимпиады, в 590 году до P. X. Город был разрушен и вся окружающая его равнина посвящена Дельфийскому богу, которого владения таким образом расширены были до моря; земля, покрывшая себя святотатством, осталась невспаханной и незасеянной. Клисфен выстроил из добычи, в память этой победы, великолепную мраморную колоннаду на площади Сикиона; десятая часть всей добычи, по решению союзников, употреблена была на расширение и возвышение блеска Пифийских игр в Дельфах. До тех пор эти игры праздновались каждые восемь лет, и состязания ограничивались только музыкой и поэзией; но по побеждении Кирры стали их праздновать каждые четыре года, подобно Олимпийским играм, и к существовавшим уже состязаниям присоединили еще гимнастические игры и бегание взапуски на колесницах. Сам Клисфен со своей четверней выиграл приз на втором празднестве.
Этим счастливым успехом своего оружия в служении национальному богу Клисфен приобрел себе не только высокое уважение всех греков, но и их благодарность. Имя его стало одним из самых блестящих в Греции. Могущественный и уважаемый, во главе цветущего государства, обладая огромными богатствами, благодаря которым он мог оказывать самое широкое гостеприимство и выказывать великолепную роскошь при своем дворе и на больших празднествах богов, Клисфен был счастливым повелителем, которого дружбы ревностно искали самые благородные дома Греции. Одного только недоставало Клисфену: он не имел сына. Зато в его дворце расцветала его дочь Агариста, наследница его богатств, если не его трона. Отдать ее замуж за лучшего из греков – было душевным желанием Клисфена. Поэтому после победы с четверней на Олимпийских играх он, как рассказывает Геродот, возвестил через герольдов, что кто из эллинов желает сделаться зятем Клисфена, тот должен явиться в продолжении 60 дней в его дворец в Сикион, и что он примет свое решение через год после 60-го дня. В продолжение этого года Клисфен надеялся в ежедневном обращении с соискателями руки его дочери найти самого достойного между ними.