Основные изменения в государственном строе Третьей республики в конце XIX в. происходили не путем принятия конституционных законов, а в самой практике деятельности государственных органов. Суть этих изменений заключалась в определенной демократизации системы парламентаризма с целью придания ей социальной маневренности и гибкости, приспособляемости к более сложным и завуалированным механизмам политического властвования.
Развитие государственной системы Третьей республики проявилось прежде всего в существенном сокращении власти президента. Начиная с 80-х гг. (с Ж. Греви) президент на практике перестал использовать свои наиболее значимые конституционные полномочия (право роспуска палаты, отсрочки сессий и т. д.). Формально президент назначал и увольнял министров, но парламентская ответственность правительства фактически выводила Совет министров из-под контроля президента.
Конфликт Палаты депутатов и президента Греви в 1887 г. создал обстановку, когда президент оказался неспособным сформировать правительство и был вынужден сам уйти в отставку. Во избежание подобных конфликтов на будущее по молчаливому согласию основных политических партий на пост президента стали подбираться заведомо безынициативные и маловлиятельные политические деятели (Дешанель, Думерг и т. п.). Официальные конституционные полномочия президента оставались своего рода политическим резервом на случай кризисной или чрезвычайной обстановки.
Так, во время первой мировой войны, потребовавшей максимальной централизации государственной власти, президент Пуанкаре вновь стал активной фигурой в политической жизни Франции.
Эволюция Третьей республики нашла свое отражение и в деятельности палат французского парламента. Внешне парламентаризм и депутатские свободы достигли тогда своего апогея. Однако постепенно, по мере ужесточения внутрипарламентской партийной борьбы, внутренний регламент Палаты депутатов предусматривал все большие ограничения свободы прений. Председатель по своему усмотрению определял порядок дня, прерывал заседания и т. д. Создавалась система комиссий палаты и Сената, куда нередко переносилось обсуждение наиболее важных или политически острых вопросов.
Одним из внешних признаков кажущегося "всесилия" парламента в период Третьей республики были частые правительственные кризисы, заканчивающиеся отставкой Совета министров. Это объяснялось тем, что при множественности партийных группировок в парламенте ни одна из них не обладала абсолютным большинством голосов, позволяющим ей сформировать однопартийное правительство.
Совет министров образовывался каждый раз в результате сложных парламентских комбинаций и блоков, в результате чего его положение не могло быть стабильным и прочным. Были случаи, когда правительство Третьей республики могло удержаться у власти всего лишь несколько недель или даже один день.
Как правило, очередной правительственный кризис влек за собой лишь частичные перестановки министров, так называемое "подштукатуривание кабинета". Ряд политических деятелей при частой смене кабинетов продолжали оставаться в составе правительства, превратившись в его завсегдатаев (Вальдек-Руссо, Комб, Клемансо и др.).
Таким образом, правительственная власть практически приобретала все большую самостоятельность по отношению к парламенту. Кроме того, постоянные смены и перестановки министров не затрагивали основ деятельности государственного административного аппарата, где существовал постоянный штат назначаемых или избираемых по конкурсу и не зависящих от смены правительства чиновников, формирующих на деле официальную политику правящих кругов. В период Третьей республики образовывались новые министерства (например, министерство колоний), увеличился контингент чиновников, который превышал уже 800 тыс. человек.
Немаловажную роль в системе органов Третьей республики играл Государственный совет,
члены которого назначались президентом с согласия Совета министров. Хотя Государственный совет представлял собой совещательное учреждение по законодательным и административным делам, он обладал заметным политическим весом. Совет сохранил за собой важные функции административной юстиции — рассматривал жалобы на высших государственных чиновников и апелляции на решения низших административных судов (советов префектур в департаментах).