Постепенно Боярская дума получает оформленную организацию и в отношении личного состава – думное сидение делается специальной повинностью высших слоев служилого класса.
Права и полномочия Думы не были определены специальными законами. Широкая сфера ее компетенции исходила из обычаев или воли государя. Дума обсуждала обширный круг дел судебных и административных, но в основном, по мнению В. О. Ключевского, это было законодательное учреждение. Законодательное значение Думы было даже утверждено Судебником 1550 г. Статья 98 Судебника гласила: «… а которые будут дела новые, а в сем Судебнике не написаны, и как те дела с государева докладу и со всех бояр приговору вершатся, и те дела в сем Судебнике приписывати».
Обычная вводная формула новых законов, как отмечалось, гласила: «Государь указал, и бояре приговорили». Однако нужно иметь в виду, что такой порядок законодательства не был формально обязательным для государя. Иногда он решал дела и издавал распоряжения, имевшие характер законодательных постановлений, единолично или обсуждал и решал их с небольшим кругом советников – так называемой ближней, или комнатной, Думой.
В общее собрание Думы дела поступали или по указу государя, или по докладам из приказов. Согласно Уложению 1649 г. Дума являлась высшей судебной инстанцией для тех дел, которые не могли быть разрешены в приказах.
На заседаниях Думы иногда присутствовал сам царь (такие заседания назывались «сидением царя с боярами о делах»), иногда Дума решала дела по указу и полномочию государя в его отсутствие. Для решения особо важных дел собиралось объединенное заседание Думы и Освященного собора, состоявшего из представителей высшего духовенства.
По мере надобности из общего состава Думы выделялись особые комиссии –
Служба бояр, окольничих и думных людей не ограничивалась их сидением в Думе. Они назначались послами в зарубежные страны, начальниками (судьями) важнейших приказов, полковыми воеводами и городовыми воеводами в большие и важные города.
Боярской думе подчинялись все приказы и все местное управление, она руководила армией, вела все земельные дела, проводила переговоры с иностранными послами. После принятия Иваном Грозным титула царя в Боярской думе появилась «комната» – «ближняя Дума», состоявшая из нескольких наиболее верных царю людей, вместе с ним решавших важнейшие государственные дела.
В. О. Ключевский в своей работе «Сказания иностранцев о Московском государстве» так анализировал властный механизм Московского царства: «Во главе управления стоял государь со своей Думой. Думу составляли думные бояре, отличавшиеся этим от простых бояр, которые хотя также назывались советниками государя, но получали это звание больше как почетный титул, ибо на общий совет их приглашали редко или совсем не приглашали. Кроме думных бояр в Думе присутствовали думные дьяки или государственные секретари. Как те, так и другие получали свое звание по воле государя. Дума была высшим законодательным, административным и судебным местом. Отсюда исходил всякий новый закон или государственное постановление. Здесь с утверждения государя определялись известные лица на правительственные должности и решались важнейшие судебные дела.
С X и до XVIII века Боярская дума стояла во главе древнерусской администрации, была маховым колесом, приводившим в движение весь правительственный механизм, она же большею частью и создавала этот механизм, законодательствовала, регулировала все отношения, давала ответы на вопросы, обращенные к правительству. В период наиболее напряженной своей деятельности, с половины XV и до конца XVII века, это учреждение было творцом сложного и во многих отношениях величественного государственного порядка, установившегося на огромном пространстве Московской Руси, того порядка, который только и сделал возможным смелые внешние и внутренние предприятия Петра, дал необходимые для того средства, людей и самые идеи.
Под Думой как высшим правительственным местом стояли приказы, ведавшие отдельные отрасли государственного управления.