Возобновление патриаршества означало как бы заключение своеобразного «конкордата» между атеистическим государством и РПЦ, и этот негласный «конкордат» соблюдался до конца жизни Сталина. Московская патриархия исполняла свою сторону соглашения молчанием по поводу унизительного подчиненного положения церкви и прямым сотрудничеством с внешней политикой СССР вплоть до публичной лжи об отсутствии притеснений церкви в советском государстве и заверений, что у нас нет узников-христиан; государство — открытием 22 тысяч православных храмов, прежде им закрытых, двух духовных академий и 8 семинарий, какого-то числа монастырей, хотя многие православные священники продолжали оставаться в лагерях и вышли оттуда лишь по амнистии после смерти Сталина. Хрущев нарушил этот «конкордат». В 1960-1964 гг. более половины недавно открытых храмов вновь были закрыты, как и большинство семинарий и монастырей. Из 30 тысяч православных священников, имевших приходы в 1959 г., к 1962 г. сохранили их только 14,5 тысяч.[3]
К 1975 г. в СССР действовали лишь 7500 православных церквей.[4]
Но наиболее разрушительные для РПЦ последствия были достигнуты не прямым насилием государства, а проведены по указке государственных чиновников руками высшего церковного руководства.
В июле 1961 г. на Архиерейском соборе было принято изменение приходского устава.[5]
Новый устав поставил священника в полную зависимость от приходского совета из 20 мирян, в подборе которых решающую роль играют местные власти и уполномоченный Совета по делам религий и культов. В результате православных священников лишили возможности руководить жизнью прихода, они оказались на положении наемных работников. С тех пор священник не может без разрешения местной власти или уполномоченного навещать своих прихожан, даже умирающих, ни у них дома, ни в больнице, не может совершить отпевание на дому. Ему запрещено пускать в храм детей, причащать и исповедовать их; священник должен требовать документы у родителей, принесших крестить ребенка, и у молодой пары, желающей обвенчаться, а потом он обязан по первому требованию уполномоченного отдать ему списки совершивших крещение, венчание, отпевание, и тем стать в положение доносчика по отношению к своим прихожанам, так как часто эти сведения используются для преследований обращавшихся в церковь людей на работе, по месту учебы и т.д.Священников, в чем-либо нарушивших эти жесткие требования, уполномоченный немедленно лишает регистрационной справки, что ведет к утрате прихода, а патриархия не склонна ни заступаться за оказавшихся таким образом безработными священников, ни назначать их в новый приход. Распоряжение регистрационной справкой фактически дает возможность уполномоченным цензуровать проповеди каждого священника, и опять-таки патриархия не отстаивает право священника хотя бы в храме свободно говорить со своей паствой. В результате проповеди в РПЦ стали редким явлением. Как правило, для них выбирают не связанные с интересами верующих темы. К тому же очень низкий уровень преподавания в духовных учебных заведениях не способствует подготовке хороших проповедников, не развивает у священников вкус к проповедничеству, и деятельность большинства священников свелась к требоисполнительству.
Архиерейское собрание 1961 г. приняло новый устав как временный, до следующего Собора. Ссылкой на временность Совет ДРК, навязавший этот документ архиереям, и архиереи, принявшие его, оставили себе возможность легкого отказа от него в случае, если его введение вызвало бы слишком бурное сопротивление: созвав собор, можно было легко смягчить это постановление или даже отменить его (как это было на съезде Всесоюзного Совета Евангельских христиан-баптистов в 1963 г. с «Новым положением ВСЕХБ» и «Инструктивным письмом старшим пресвиретам», введенным было в 1960 г. — См. главу «Евангельские христиане-баптисты», стр. 142-146).
Изменение приходского устава вызвало общее недовольство в русской православной церкви — как клира (против которого непосредственно оно было направлено), так и мирян (которые по новому уставу полностью отстранялись от жизни прихода, вернее, приход как таковой просто переставал существовать, осталась от него одна «двадцатка»). Тем не менее в открытых действиях это недовольство проявилось весьма слабо, особенно если сравнить реакцию на аналогичные постановления баптистских общин и католической церкви в Литве, где большинство священнослужителей и верующих просто отказались его исполнять как противоречащее канонам церкви (см. главу «Литовцы», стр. 46-47).