Хотя конфискация в принципе была делом государства, однако распределение добычи не подчинялось раз и навсегда определенному правилу. До организации инквизиции, когда были сожжены в Страсбурге вальденсы, имущество последних было поровну распределено между Церковью и светскими властями. Луций III, как мы видели, пытался присвоить Церкви исключительное право на доходы от конфискаций. В церковных областях эта монополия была понятна, и Иннокентий IV в своей булле "Ad extirpanda" 1252 года проявил свое бескорыстие, предназначив всю добычу грабежа на поощрение дальнейших преследований: одна треть была предоставлена местным властям, одна треть – служителям инквизиции, а остальное – епископу и инквизитору, с тем чтобы они употребляли эти деньги исключительно на розыск еретиков. Данные предписания были сохранены Александром IV и Климентом IV в позднейших редакциях этой буллы. Невостребованные залоги переходили полностью в руки инквизитора. Но вскоре пришли к убеждению, что приведенное нами выше правило распространялось только на независимые государства Италии, так как Александр IV в 1260 году приказал инквизиторам Рима и Сполето продать конфискованные у еретиков имущества и вырученные деньги передать самому Папе; а в следующем, 1261-м, году Урбан IV получает 320 ливров, вырученных от конфискаций в Сполето.
Со временем как в церковной области, так и в остальной Италии установился обычай распределять выручку от конфискаций между общиной, инквизицией и папской канцелярией; епископы, по словам Бенедикта XI, присваивали себе часть, которая полагалась им на преследование ереси, и, таким образом, хотя и косвенно, принимали участие в хищничестве. Один флорентийский документ 1283 года показывает нам, что эта система была в то время уже введена, а другие акты от следующего пятидесятилетия свидетельствуют, что республика имела обыкновение назначать уполномоченных на предмет получения от ее имени конфискованных имуществ.
В 1319 году город Флоренция пожертвовал свою часть за десять лет вперед на построение церкви Santa Reparata. Суммы, получаемые таким образом, должны были достигать крупных размеров; в 1299 году инквизиторы заявили республике, что св. трибунал нуждается в деньгах на уплату жалованья служащим и ходатайствует о разрешении помещать в недвижимость суммы, которые следуют инквизиции, дабы обеспечить будущность дела. Это ходатайство было удовлетворено в размере до тысячи ливров с условием, чтобы св. трибунал не касался части, следуемой городу. Эта оговорка показывает, как мало верили в честность инквизиторов, и есть основание думать, что недоверие это было обоснованно.
В эту эпоху храм всецело попал в руки торгашей, и им было почти невозможно оставаться честными тогда, когда преследование, как мы это видим в предшествующей главе, стало прибыльной аферой. Горячий поборник истины, францисканец Альваро Пелайо, епископ Сильвы, писавший в 1335 году, горько упрекал своих братьев, несших инквизиторские обязанности, за злоупотребления, которые они позволяли себе с деньгами, следуемыми св. трибуналу. Он открыто говорил, что распределение доходов, предписанное Папой, обыкновенно не соблюдалось; инквизиторы захватывали себе все, тратили доходы от конфискаций на себя лично или раздавали их своим родственникам.
Случайно в архивах Флоренции сохранилось несколько документов, подтверждающих это обвинение. По-видимому, в 1343 году Климент VI получил доказательства того, что инквизиторы Флоренции и Лукки обманывали папскую канцелярию относительно причитающейся на ее долю третьей части штрафов и конфискаций; вследствие этого он послал primicerio Лукки, Пьетро ди Витале, приказ вернуть задержанные деньги и возбудить преследование против виновных. Чем кончилось дело, мы не знаем, но, по-видимому, Папа не много выиграл. На место одного из воров был назначен Пьетро ди Аквила, очень уважаемый францисканец; но через два года он так усвоил приемы своей профессии, что был вынужден обратиться в бегство, вследствие преследования primicerio республики, которые обвиняли его в растрате денег.
В Неаполе, под владычеством Анжуйского дома, с первого дня установления инквизиции Карл Анжуйский обеспечил за собой исключительное право на конфискации с такой же быстротой, как короли Франции. Уже в марте 1270 года он пишет своим агентам в Принчипато-Ультра, что в Беневенте только что сожгли трех еретиков, имущество которых надо описать. Тем не менее в 1290 году Карл II приказал, чтобы штрафы и конфискации распределялись на три части: одна в пользу королевского фиска, другая – на пропаганду веры и третья – на инквизицию. Исключение было сделано для феодальных владений, которые должны были идти короне или их непосредственному сюзерену.