16 декабря разного рода наказаниям подвергли девять человек. Еще один участник заговора против Арбуэса, ла Бадиа, решил, подобно Франсиско де Санта-Фе, покончить с собой и в ночь накануне аутодафе, которое назначили на 21 января 1487 года, разбил лампу, наглотался стекла и испустил дух в страшных муках. Его тело протащили по улицам, затем отрубили руки и, по традиции, изрезали на мелкие куски. Как сообщники его были сожжены
Разыскивая следы заговора против Арбуэса, сарагосская инквизиция по малейшему подозрению привлекала к ответственности все новых и новых людей, и аутодафе следовали одно за другим. 18 августа 1487 года на базарной площади лишили головы Мосена Луиса Сантангела — одного из руководителей убийства Арбуэса. Голова еще долго после этого красовалась на колу, а тело сожгли. На этом же аутодафе сожгли живьем женщину. Через два дня сожгли живьем троих;
В 1488 году прошла серия аутодафе в связи с арестами тех, кто отзывался о Сантангеле как о добром христианине. Затем стали наказывать тех, кто — хотя бы по слухам — сочувствовал убийству Арбуэса. На этом основании к вечному тюремному заключению был приговорен финансовый инспектор Арагонии Санчо де Патерна и еще множество людей. Всего в Сарагосе только в связи с убийством Арбуэса было подвергнуто различного рода наказаниям свыше 200 человек.
Таким образом, террор, развязанный инквизицией, сломил сопротивление Арагона. Были вырезаны почти под корень многие роды маранов. Особенно сильно пострадала знаменитая семья Сантангелов, происходившая от раввина Азария Гинильо. Носить санбенито и каяться публично на аутодафе вынужден был даже королевский казначей Луис Сантангел (двоюродный брат обезглавленного, носивший то же имя), который уговорил Изабеллу сочувственно отнестись к предприятию Колумба и сам дал на это 17 000 дукатов; как известно, первый подробный отчет о путешествии Колумб прислал на имя Сантангела. Впрочем, король, питавший к нему расположение, оградил его от дальнейших преследований.
Каталония также была недовольна введением новой инквизиции. Барселона, ссылаясь на Римскую курию, пыталась доказать, что она не нуждается в инквизиторах, посланных Торквемадой: дескать, местный инквизитор Хуан Комте сам прекрасно справляется с ересью. Но и здесь Фердинанд проявил упорство и добился от папы передачи права назначать и смещать каталонских инквизиторов. В июле 1487 года в Барселону явился назначенный Торквемадой инквизитор Алонсо де Эспина. Судя по тому, что к нему навстречу не вышли ни депутаты Каталонии, ни магистрат, ни духовенство в полном составе, можно заключить, что сопротивление введению новой инквизиции все еще продолжалось. Тем не менее 30 июля муниципальные чины принесли инквизиции присягу в верности, и король специальным письмом поблагодарил их за это.
Об аутодафе барселонского трибунала сохранился отчет его архивариуса и нотариуса Педро Мигеля Карбонеля. Первое состоялось 25 января 1488 года — на нем заживо сожгли четверых маранов и еще двенадцать
8 августа аутодафе обошлось без костра — инквизиция ограничилась тем, что приговорила девять человек к вечному заточению. Большое аутодафе имело место 16 августа: 34 мужчины и 85 женщин прошли в санбенито по городу; их приговорили к ношению позорных костюмов в течение года. 13 мая 1489 года были осуждены четыре женщины и двое мужчин. 24 мая 1490 года 149 человек были сожжены