Против Феодора энергично полемизировал уже во время Собора 431 г. в Царьграде латинянин Марий Меркатор. Ефесский Собор в своем 6-ом заседании 22 июля, осудил его символ, не назвав его по имени — это ради «экономии», дипломатически, как объяснял Кирилл в письме к Проклу Константинопольскому. Общий организованный открытый поход против Феодора начался таким образом. На Ефесском Соборе был Эдесский митрополит Равула, сначала приверженец Иоанна, а потом горячий сторонник Кирилла. В Эдессе под его покровительством процветавшая богословская школа, во главе с Ивою, усердно занималась изучением Феодора Мопсуэстийского и переводом его на сирский язык. Переменив свои воззрения, Равула в 432 г. поднял гонение на Феодора и предавал сожжению его сочинения. Однако, по смерти Равулы (8 августа 435 г.), его место занял Ива, и память Феодора была восстановлена /об этом известно из письма — позднее очень знаменитого эпископа Ивы к ардаширскому епископу Марию Персидскому. Mansi VII, Р. 241. Assemani. Bibl. Orient 1, 353/. Второй эпизод относительно Феодора был такой. В Армению проникали сочинения Феодора. Равула, открывший Кириллу (Mansi V, p. 976. с. 219) глаза на Феодора, предостерегал против него епископа Акакия Мелитинского, стоявшего во главе Армянской Церкви и других армянских епископов. Руководители Армянской Церкви, избрав на Соборе двух клириков — Леонтия и Аберия, отправили их в Константинополь к архиепискому Проклу с вопросом: справедливо ли отрицательное отношение к Феодору со стороны Равулы и Акакия Мелитинского? Прокл в ответ написал: « », где он излагал православное учение и опровергал некоторые заблуждения несторианствующих. Под ним подписались Кирилл Александрийский и Иоанн Антиохийский со своими епископами (Ibidem — V, 421). К томосу были приложены выписки из сочинений Феодора Мопсуэстийского, без упоминания его имени, для осуждения. Подписавшись под томосом, антиохийцы решительно отказались анафематствовать выписки. Иоанн Антиохийский с Собором заявил, что подобные места можно встретить и у других церковных учителей, например, у Игнатия, Евстафия, Афанасия, Василия, Григориев, Флавиана. Кириллу Иоанн добавлял, что и у него самого и у Прокла можно встретить подобное выпискам из Феодора Мопсуэстийского. Кирилл отверг мысль о том, что учение Феодора сходно с учением Василия, Афанасия и других, но поднимать в Церкви о нем спор он находил нежелательным. Однако, волнения начались… Потребовался указ Феодосия II на имя Иоанна (и по его же побуждению) и его Собора, запретивший осуждать лиц, умерших в мире с Церковью (— V, р. 1009 с. 219).
Несторианская ересь была подавлена вследствие строгих императорских эдиктов и чрез низложение враждебных унии епископов. Остатки её уничтожил император Зенон, когда в 489 г. приказал закрыть школу в Ефесе, как последнее убежище несторианства. Стесненные в пределах Римского царства, несториане бежали за его пределы. Их накопилось очень значительное число в Персии
, где епископ Варсума Низибийский (453-489 г.) был их сильной опорой. Персидский двор поддерживал их из-за политической оппозиции против Римского царства. Отсюда несториане распространились в Аравию, Ост-Индию и Китай. Несториане Персии были известны под именем «халдейских христиан». Долгое время Селевкия-Ктезифон, позже Багдад служили резиденцией несторианского патриарха, которого в XIV-ом веке признавали духовным главою не меньше 25-ти митрополитов. Страшный Тамерлан уничтожил их почти совершенно. Только на высотах и в долинах Курдистана удержалось до 700 тысяч несториан под особым патриархом, который до XVII-го века имел резиденцию в Мосуле, а потом в Кохаке (Сведения О несторианах см. «Kirchenlexicon» Wetzer und Welte).Происхождение монофизитства.
Догматический смысл Антиохийской унии выражался в двух — трех словах , . Значение этой унии, как и всякого компромисса — было временное и очень небольшое. Уния еще сохраняла свою силу и значение при жизни главных виновников её. Она была тем миром, который как бы ни был плох, однако все-таки лучше открытой вражды или разделения. Но вот епископы главных городов один за другим сходят со сцены. В 440-41 году умирает папа Сикст (432-440 г.) и его заступает Лев I (440-461 г.); в 441-42 г. преставился Иоанн Антиохийский, его преемником делается Домн; в 444 г. сходит в могилу Кирилл, на его место приходит его архидиакон, а может быть и родственник, Диоскор; наконец в 446 г. почил Прокл Константинопольский (в 434 г.), после которого сделался архиепископом Флавиан. Для истории дальнейших церковных взаимоотношений особенно были важны перемены на Римской, Александрийской и отчасти Константинопольской кафедрах. О Домне Антиохийском говорить много не приходится. Он был человек скромный и ни в каком случае не мог пользоваться в глазах Александрийских владык той долей уважения, какой по праву заслуживал Иоанн. Крупная фигура Льва не нуждается в описании, его догматическое влияние бесспорно признавалось.