Первое заседение Собора было посвящено делу Евтихия. Благоразумно было решено остаться in statu quo Никейского и Ефесского Собора. Евтихий соответственно этому и высказался, что он стоит в вере Никейского и Ефесского Собора, а Манеса, Валентина, Аполлинария (sic!) и Нестория проклинает. При обсуждении выяснилось, что присутствовавшие считали за единственно православную формулу: «По воплощении одна природа», правда с добавлением «воплощенная и вочеловечившаяся и что они осуждают учение о двух природах после воплощения. В этом смысле Евтихий был признан всеми, — римские легаты воздержались от голосования, — православным. Теперь нужно было Диоскору осудить архиепископа Флавиана и Евсевия Дорилейского. По его предложению, каждый епископ должен был письменно высказаться по поводу того, заслуживают ли наказания те, кто в своих исследованиях выходят за рамки Никейского символа. При утвердительном ответе подводились под осуждение Флавиан и Евсевий, и они были осуждены. Они тотчас же заявили о своих апелляциях папе. Приговор о низложении Флавиана и Евсевия Диоскор заставил принудительно подписать в тот же день. Найденная недавно протестация архиепископа Флавиана /Апелляции были открыты в 1874 г. и впервые изданы в 1882 г. Текст их можно читать на русском языке у проф. Болотова (IV, 260) и у архимандрита (епископа) Анатолия — Труды К.Д. Академии 1912, V, 57-61/ папе не подтверждает сообщений византийских историков о больших насилиях Собора над Флавианом. Но Флавиан свидетельствует лишь об опасности для него, когда в Церковь ворвались солдаты, по чьему-то приказанию, вероятно, с целью, чтобы пресечь всякие попытки изменить только что сделанное постановление. Однако, клирики отвели Флавиана в сторону. Папские легаты при осуждении Флавиана и Евсевия как-то растерялись, лишь один диакон Илар заявил свое veto латинским выражением «contradicitur». После первого заседания они уже больше не явились на Собор. После некоторого перерыва состоялись второе и третье заседание Ефесского Собора, известия о которых не сохранились в греческих актах, а лишь в сирском переводе. На них был низложен очень неприятный Диоскору Ива Эдесский; ему приписывалось и инкриминировалось выражение: «я не завидую Христу, сделавшемуся Богом, потому что насколько Он сделался Богом, настолько сделался и я». Кроме того, был осужден столп восточного богословия Феодорит Киррский и другие, между прочим и Домн Антиохийский.
Казалось, архиепископ Диоскор достиг блестящей победы: постановления Собора базировались на определениях Никейского и Ефесского Собора, в качестве своего знамения Собор выставил формулу Кирилла: «одна сделавшаяся человеческою природа Бога-Слова». Противники или раскаялись или были низложены. — Император с радостью утвердил постановления 2-го Ефесского Собора.
Халкидонский Собор 451 г. IV-ый Вселенский Собор.