Согласно рескрипту императора, в конце лета 451-го г. в Никею стали собираться епископы. Во избежание возможных беспорядков (вспомним Ефесские Соборы 431 и 449 г.г.!) Маркиан сам лично желал присутствовать на Соборе. Римские легаты прямо на этом настаивали. Между тем военно-политические обстоятельства не позволили императору оставлять Константинополь. Ввиду этого, император решил перенести Собор из Никеи в Халкидон, находящийся на Азиатском берегу Босфора напротив Константинополя, чтобы создать себе возможность лично посетить Собор в любой момент. — Заседания Собора происходили с 8-го октября по 1-ое ноября; всего было 16 заседаний. На Соборе присутствовало свыше 600 епископов (Деяния. III, 128-130). Заседания епископов происходили в Церкви св. Евфимии. Император, тоже лично сам присутствовал лишь на одном 6-ом заседании, руководил Собором из уполномоченных из министерства (judices, ) и сената. Представители императора с честью выполняли свою роль. Они внимательно следили за ходом соборных совещаний, направляли их и вносили свою инициативу, как, например, по вопросу о необходимости составления догматической формулы. Уполномочнные императором сидели в середине, пред солеёй. Левую сторону занимали легаты римского папы, а потом сидели Анатолий Константинопольский, Максим Антиохийский, Фалассий Кесарии-Каппадокийской, Стефан Ефесский, т. е. епископы Востока (кроме Палестины) — Асии, Понта и Фракии. С правой стороны помещались — Диоскор Александрийский, Ювеналий Иерусалимский, представитель Афанасия Фессалоникийского — Квинтилл Ираклийский, епископы Египта, Палестины и восточного Иллирика.
Главными предметами занятий Собора были: решение догматического вопроса, при этом пришлось: а) высказаться о лицах, бывших участниками того богословского спора, которым вызван был Собор (Диоскор — Деяния — заседания I, III и IV; Евсевий и Флавиан — I заседание, Феодорит и Ива — VIII, IX-X) и б) выработать свою догматическую формулу, решавшую этот спор (заседание II, V и VI); затем отцы решали вопросы, касавшиеся церковного управления — а) в Антиохийском патриархате (заседание VII и XIV) и б) в Константинопольском (XV-XVI, XI-XIV).
Как только Собор был открыт
, римские легаты сразу заявили, что они могут принять участие в Соборе лишь в том случае, если удалят Александрийского Диоскора (Деяния. III, 128-130). Это заявление устраняло программу ведения дел, если была составлена такая, и ставило необходимым пунктом обстоятельство, которое в систематическом ходе дел могло быть только заключительным. Volens-nolens уполномоченные императором должны были принять во внимание заявление столь важных представителей. Но без установленной вины никого нельзя подвергать какому бы то ни было наказанию, даже ограничению в правах. Поэтому от уполномоченных последовал вопрос: «Какая собственно вина возводится на Диоскора, почтеннейшего епископа?» Раз зашла речь о виновности Диоскора, то он должен был оставить свое почетное место судьи на Соборе и стать на середину. Обвинителем его выступил Евсевий Дорилейский и возводил на него тяжелые преступления. Диоскор понимал, что дело сразу приняло неприятный для него поворот и хотел направить его по другому руслу: «Прошу вашу знаменитость, прежде исследовать то, что касается веры». Но, вопреки ему, весь Собор решил прочитать акты того Собора, на основании которых возводится на него обвинение, т. е. Ефесского Собора 449 г., а в них входили и акты Константинопольского Собора 448 г.На 2-ом заседании
15 октября отцы Собора прочитали символы — Никейский, Никео-Царьградский /Деяния. III, 230-231. Здесь впервые был прочитан Никео-Царьградский символ. Соборы 431 и 449 гг. не вспомнинали о нем/, окружное послание Льва к Флавиану и извлечения из святейших отцов и исповедников (Деяния. III, 229-242). Как уже замечено выше Иллирийские и Палестинские епископы выразили сомнение в понимании некоторых положений в послании Льва. Им даны были достаточные объяснения. Аттик, епископ Никопольский (в Иллирике), желал сверить послание Льва с посланием Кирилла (при ср. 12-ти анафематизмов Кирилла против Нестория) и просил для этого пять дней. Однако его просьба не была прямо удовлетворена /«Если бы мнение Аттика было принято, говорит проф. Болотов (IV, 288), то может быть истина открылась бы скорее и судьбы Церкви были бы иные. Теперь демонстрируется, что Лев расходился с Кириллом… нужно было бы пересмотреть всю догматическую деятельность Кирилла, и тогда бы открылось, что не всякая строка из сочинений Кирилла должна быть принимаема к сведению»/.