Кроме послания Юстиниана, на первом заседании прочитаны были послания Евтихия и Вигилия и отправлено было к последнему торжественное посольство из 20-ти человек с 3-мя патриархами во главе для приглашения его на Собор. Вигилий отказался явиться ссылаясь на недомогания. 6-го мая депутация снова явилась к Вигилию и повторила свою просьбу. На этот раз папа указал на то, что с ним очень мало западных епископов, и он не может явиться на Собор, но подаст письменное решение дела, для чего он просил императора дать ему отсрочки 20 дней. Депутаты указали папе, что он сам в письме к Евтихию обещал явиться на Собор; ссылка его на маленькое количество западных епископов не имеет значения, и на прежних Соборах было мало западных; притом, в вопросе о вере, в чем должны быть единодушны Восток и Запад, решительно неважно, откуда и сколько епископов прибыло. 7-го мая было 3-е посольство к папе во главе высших сановников — judices. Вигилий опять не согласился прибыть на Собор. 9-го мая были прочитаны исповедания веры епископов.
Собственно вопрос о трех главах решался на заседаниях 12, 17 и 19 мая. Сначала обсуждали вопрос о Феодоре; прочитали сомнительные места его сочинений (7) и его символ. После Феодора, подвергли обсуждению вопрос о Феодорите. Прочитали четыре главы из сочинения его против анафематизмов Кирилла и некоторые отрывки из других его сочинений. Выяснилось, что он выражается еретически. Этим закончилось пятое заседание 17-го мая. 19-го мая рассматривали послание Ивы к Марию, какое, разумеется, было признано неправославным, «во всем противным» (per omnia contraria) Халкидонскому .
Прежде произнесения соборных решений о трех главах, папа Вигилий отправил императору 25-го мая составленное им Constitutum de tribus capitulis помеченное 14 мая и подписанное еще 16-ю епископами. Папа осуждал еретические места из сочинений Феодора, как уже почившего предоставляя его суду Божию. От осуждения Феодорита и Ивы папа уклоняется и даже возражает против него потому, что они анафематствовали несторианство и были приняты Халкидонским Собором. В заключение папа запрещает рассуждать о трех главах иначе, чем как он предписывает властью апостольского престола. Но император даже не принял к себе папского посла. В ответ папе было сказано, что если в его документе содержится то же, что папа и прежде высказывал, то этот документ является лишним; если же заключается противное, то папа осуждает сам себя. На 7-ом заседании (26-го мая), об этой попытке папы сообщил отцам, посланный от императора, квестор Константин. Вместе с тем, он представил 7 документов, доказывающих виновность папы: письмо папы Вигилия к императору Юстиниану и императрице Феодоре, осуждение им Рустика и Севастьяна, письма его епископам — Валентиниану Скифскому и Аврелиану Арльскому, клятвенное обещание, данное им императору, что он будет содействовать осуждению трех глав, сакру императора Юстина от 7-го августа 520 г. На основании этих документов, Собор признал папу подлежащим низложению и исключил имя его из диптихов. На последнем 8-ом заседании (21-го июня) прочитано было окончательное постановление Собора: «три главы», т. е. личность и сочинения Феодора, сочинения (некоторые) Феодорита и письмо к Марию Ивы — были анафематствованы. На 8-ом же заседании был анафематствован и Ориген, как еретик… Вообще против догматических заблуждений было постановлено 14 канонов, большею частью буквально сходных с теми, какие находились в Юстиниана /См. заседание VIII, анафем. 11: «Если кто не анафематствует Ария, Евномия, Македония, Аполлинария, Нестория, Евтихия и Оригена, с нечестивыми их сочинениями, и всех прочих еретиков, — тот да будет анафема» — Mansi IX, 384 В. Деян. Вселенского Собора V, 190. Canones concilii V contra Origenem. Mansi IX, 396 В. — 400 Е. Собственно осуждение Оригена состоялось на одном из заседаний, предшествовавших открытию Вселенского Собора. Fr. Diekamp. Die origenistischen Streitigkeiten im sechsten Jahirhundert und das funfte allgemeine Concil. M"unster i. W. 1899. s. 131, 137/.
На Востоке решения Собора были встречены без протестов. Римская Церковь в большинстве не была согласна с ним. Так Рустик и Феликс писали сочинения против Собора. Вигилий и некоторые другие его единомышленники были сосланы. Но уже 8-го декабря 553 г. Вигилий в письме к Евтихию признавал свой протест против осуждения трех глав незаконным, и это признание повторил 23-го февраля 554 г. в особом Constitutum. Ему позволено было вернуться в Рим, но дорогою он умер в Сицилии.