По прочтении соборных деяний, император так резюмировал дневной порядок: «Узнав теперь содержание прочитанных соборных книг, пусть скажут св. Собор и славнейшие судьи: есть ли какое-либо сделанное этими соборами определение, доказывающее, что в домостроительстве Господа нашего Иисуса Христа одна воля и одно действие, как обещали почтенные архиепископ Антиохийский Макарий и единомысленные с ним благочестивейшие мужи?» Ответ последовал отрицательный. Тогда император предложил Макарию и его единомышленникам «представить свидетельства св. отцов в доказательство того, что во Христе была одна воля и одно действие». Они обещали это сделать, но просили отсрочку. Ввиду этого, 4-е заседание Собора было посвящено чтению послания папы Агафона и Римского Собора. На 5-ом и 6-ом заседаниях были прочитаны выдержки (извлечения) из отцов, сделанные в трех свитках Макарием и другими в доказательство монофелитства. На 7 заседании им возражали папские легаты на основании собранных ими данных. Заседания 8, 9 и 10 были употреблены на проверку данных, представленных той и другой стороною. Причем Собор согласился с заключением папских легатов. На этих заседаниях было принято послание и Агафона; за него высказался даже Георгий Константинопольский. Макарий же решительно заявил: «я не скажу, что два естественные хотения, или два естественные действия в домостроительстве воплощения
Господа нашего Иисуса Христа, хотя бы меня разрубили на мелкие части и бросили в море». На заседаниях 11-14 читались разные, относящиеся к вопросу о волях, документы: послания патриарха Софрония, Сергия, Гонория, Кира, Пирра, Павла, Петра, выдержки из сочинений Максима и Стефана. На 15 и 16 заседании обсуждалась вредная для православия деятельность фанатика монофелитства, монаха Полихрония, и ему дозволено было проделать, в доказательство истинности монофелитского учения, свой дерзкий опыт над умершим, кончившийся полным его посрамлением. Наконец, на двух последних заседаниях 17 и 18 (16-го сентября) было прочитано определение Собора. Анафема произнесена была на Феодора, Сергия, Гонория, Пирра, Павла, Кира, Петра, Макария /Еще на 14-ом заседании на место Макария был рукоположен игумен Феофан/, Стефана и Полихрония. В своем догматическом определении, отцы, по примеру Халкидонского Собора, повторили символы — Никейский, Константинопольский, заимствовали значительную часть из определения IV-го Вселенского Собора и взяли несколько фраз из ’а V-го Вселенского Собора. Собственное же свое определение о двух волях во Христе Собор выразил так: «Проповедуем также, по учению св. отцов, что в Нем и две естественные воли или хотения, и два естественные действия нераздельно, неизменно, неразлучно, неслиянно / , , , /. И два естественные хотения не противоположенные одно другому, как говорили нечестивые еретики — да не будет! Но Его человеческое хотение не противоречит и не противоборствует, а следует, или лучше сказать, подчиняется Его Божественному и всемогущему хотению» (Mansi XI, 632-653).На вопрос императора, все ли так веруют, раздались единодушные крики в подтверждение общего согласия. Приняв хартию, император дал свою подпись (Mansi XI, 697-712), и из собрания понеслись возгласы: «Многие лета императору! Ты разъяснил сущности двух природ Христа Бога. Храни, владыко, светоч мира! Новому Маркиану, Константину вечная память! Ты разогнал всех еретиков».
Император /Император увековечил память о Соборе, приказав изобразить его на картине, которая была написана (или сделана мозаикой), в передней части дворца на стене/ утвердил постановления Собора особым декретом. В Рим были посланы извещения о результатах соборных деяний — папе и Римскому Собору — отцов Собора и самого императора. В этих извещениях наиболее щекотливым пунктом было сообщение об осуждении папы Гонория. Однако, Римский первосвященник Лев II (преемник Агафона 10 января 681 г.) имел мужество принять его спокойно и со всею ясностью выразиться о печальном факте в послании к испанским епископам.
/Однако, для католического мира это событие поразительное: как Вселенский Собор мог произнести анафему на папу? Этот вопрос получил особую остроту со времени Ватиканского Собора. Чтобы избежать неприемлемых выводов, вытекающих из такого факта, Ц. Бароний и его единомышленники утверждали, что акты Собора, содержавшие анафему на папу Гонория, фальсифицированы. В то время как другие думали, что акты подлинны; но Собор осудил Гонория не за ересь, а за нерадивость, Nachlassigkeit, потому что он молчал, когда следовало говорить. Тем и другим отвечал проф. Пеннаки, Pennachi. Он доказывает что акты VI-го Вселенского Собора подлинны, и папа осужден как еретик, formalis… Известный Гефеле, Conciliengeschichte В. III 1877, ss. 290-313, обстоятельно рассуждая о causa Honorii приходит к выводу что он заблуждался лишь в выражении, im Ausdruick, а в истине он был ортодоксален, er war in Wahrheit orthodox/.
Лет через 30 монофелитство было торжественно восстановлено, а VI-ой Вселенский Собор осужден.