После долгих переговоров местом собора назначен был в 1542 году пограничный между Италией и Германией город Тридент, а самый собор открылся в 1545 году, когда император занят был приготовлениями к войне с протестантскими князьями, которая вскоре и началась. Председательствовали на соборе папские легаты, которые и заправляли всеми делами по указаниям из Рима. Присутствовали епископы и некоторые аббаты из разных стран, но главным образом из Италии, а также послы германского императора и других государей; представителей от протестантов не было. Прежде всего собор разрешил вопрос, с чего начинать рассуждения — с догматов или с преобразования церковной дисциплины. Легаты настаивали на рассуждениях о догматах, послы императора — на рассуждениях о дисциплине. Решено было рассуждать вместе о том и другом предмете, но папа дал тайное приказание легатам вопроса о дисциплине не касаться. Затем обсуждаем был другой, также важный для папства вопрос, как собирать голоса на соборе — по нациям или от каждого лица отдельно, и разрешен по желанию папы — собирать голоса от каждого лица отдельно. При таком порядке преданные папе итальянские епископы могли иметь всегда перевес. После уже этого собор приступил к самому делу и начал с утверждения католических догматов, поколебленных реформацией. Первым вопросом, поставленным на обсуждение, был вопрос об источниках вероучения. Собор подтвердил признавать, наравне со Священным Писанием, и Священное Предание источником вероучения и нравоучения, отвергающих же Предание сознательно предал анафеме.
Но при этом он умолчал о том, все ли, что признавалось в Римской Церкви за предание, следует причислять к Преданию, хотя вопрос этот и поднимался. Вместе с тем собором утверждено было каноническое достоинство латинского перевода Библии, Вульгаты, и под строгим наказанием запрещено читать и иметь в доме Священное Писание в другом каком-либо переводе. Далее, собор перешел к рассмотрению главного заблуждения протестантов — учения об оправдании и разъяснил это учение в том смысле, что оправдание совершается благодатью Божией, возбуждающей в человеке веру, а человек со своей стороны свободно своими силами содействует этой благодати; при этом собор подтвердил и необходимость добрых дел для спасения. После учения об оправдании собор утвердил седмиричное число таинств и приписал им то значение, какое всегда придавала им Церковь. В частности, он вошел на этот раз в подробное рассмотрение учения о таинствах крещения и миропомазания и, осудив в 30 канонах все протестантские мнения относительно этих таинств, утвердил всю без исключения существовавшую тогда практику Римской Церкви в совершении их.
Между тем как собор занимался обсуждением догматических вопросов, император Карл V, к неудовольствию папы, успел одержать верх в войне с протестантами и в видах примирения их с Церковью настойчиво требовал от собора, чтобы он занялся церковными преобразованиями. Поэтому папские легаты волей-неволей должны были допустить на соборе обсуждение вопросов об исправлении церковной дисциплины; но, когда подняты были вопросы, направленные к ограничению папской власти339
, и епископы, принадлежавшие к императорской партии, не удовлетворились двусмысленным разрешением этих вопросов, папа приказал легатам перенести собор в Болонью. Предлогом выставлено было появление в Триденте заразительной болезни, хотя и незначительной. В 1547 году легаты и преданные папе епископы отправились в Болонью, епископы же державшиеся стороны императора, остались в Триденте. В Болонье собор хотя имел несколько заседаний, но ничего не сделал, а вскоре папа и совсем отсрочил его заседания.