Иезуиты же после выхода в 1640 году книги Янсения поняли, какой опасностью угрожает их деятельности раскрытое в нем учение, и потому в 1643 году выхлопотали у папы Урбана VIII (1623-1644 гг.) осуждение ее. Но этим янсенизм не был уничтожен — во Франции и Нидерландах янсенисты заявили протест против распоряжения папы и вступили в литературную полемику с иезуитами. Тогда иезуиты изложили учение Янсения в пяти положениях, извлеченных ими из его книги, и представили папе Иннокентию X (1644-1655 гг.) как еретические. В 1653 году папа осудил их в особой булле, которую и отправил во Францию. Но и против этого осуждения заявлен был протест со стороны янсенистов и многих французских епископов, разделявших их мнения. Они доказывали, что осуждены такие положения, каких в книге Янсения нет, а когда папа (Александр VII) безапелляционно решил, что спорные положения действительно находятся в книге, стали возражать, что папа злоупотребляет своей непогрешимостью, утверждая несуществующий факт. Споры продолжались до 1668 года, когда папа Климент IX изъявил свое согласие, чтобы епископы, державшиеся янсенизма, подписали осуждение пяти положений вообще, без упоминания о том, что они составляют учение Янсения. Но иезуиты были недовольны таким исходом дела и тем более, что янсенисты в своих полемических сочинениях раскрывали со всей подробностью их безнравственное учение, их собственную распущенную жизнь и все их интриги. Поэтому они продолжали вооружать против них как пап, так и французского короля Людовика XIV. В начале XVIII столетия иезуиты добились наконец преследования янсенистов. В 1709 году по распоряжению Людовика монастырь Пор-Рояль и училище при нем были закрыты, а папа Климент XI в 1713 году в своей булле, Unigenitus, предал анафеме все учение янсенистов, формулированное для этой цели в 101 положении. Так как осуждение папы по существу дела было осуждением учения уважаемого учителя Церкви, блаженного Августина, то его булла произвела большое волнение во Франции. Со стороны многочисленных почитателей Августина и Янсения, во главе которых был сам архиепископ Парижский, последовал открытый протест против папской буллы, но это мало помогло им. Правительство по проискам иезуитов начало гнать их и преследовать, вследствие чего многие из них бежали в Нидерланды. Вообще же борьба между иезуитами и янсенистами закончилась в половине XVIII века, когда против самих иезуитов восстали все католические правительства. Результатом янсенического движения было основание в Нидерландах особой Церкви, в сущности католической, но совершенно независимой от Рима. Она организовалась в 1723 году из католиков-янсенистов под управлением архиепископа Утрехтского и епископов Гарлемского и Девентерского и существует до настоящего времени вне всякого общения с Римской.