После его смерти в 1944 году преемником стал Иосиф Слепой. Второй приход советской власти подписал приговор греко-католичеству. Сталин «зачищал» религиозное пространство под РПЦ. В 1945 году Иосиф Слепой отправился на 18 лет в лагеря (его отпустят из СССР лишь в 1963 году по просьбе папы Пия XXIII).
В 1946 году состоялся организованный органами госбезопасности «собор», отменивший Брестскую унию 1596 года. Епископ Мукачевский Теодор Ромжа был убит, после чего в 1949 году аналогично поступили с закарпатской греко-католической церковью. За процессом лично следил Никита Хрущев и докладывал Сталину. Имущество УГКЦ, равно как и приходы, перешло в РПЦ. Далее униатская церковь существовала в тех же обстоятельствах, что и православная катакомбная, – в подполье. Многие иерархи и священники были репрессированы. Структуры УГКЦ остались лишь в диаспоре. Иосиф Слепой в конце жизни активно трудился в Риме. В это время УГКЦ в СССР возглавляли подпольные митрополиты.
Снова легализуется церковь в 1989 году после массового молитвенного шествия к собору Святого Юра во Львове и встречи папы Иоанна Павла II с советским вождем Михаилом Горбачевым. УГКЦ теперь восстанавливает свои позиции в Украине как одна из наиболее влиятельных конфессий. В 2002 году синод принимает решение о перенесении патриаршего престола УГКЦ в Киев. Укрепление влияния униатской церкви приходится на главенство кардинала Любомира Гузара (2001–2011), ставшего весьма конструктивным пастырем в нашу смутную эпоху. После него УГКЦ возглавил молодой иерарх Святослав Шевчук.