Для католиков освоение этих земель имело иные последствия. Наиболее значительным стало внезапное пополнение их рядов большим числом людей, по своей культуре совершенно отличавшихся от остальных североамериканских католиков. В течение нескольких десятилетий американское католичество отказывалось признать это различие и пыталось "американизировать" своих новых членов. В 1850 году католические церкви на юго-западе были поставлены под управление иерархов с восточного побережья, и число мексиканских священников быстро сократилось. Мексиканские историки приводят документальные свидетельства резкого контраста между прежними мексиканскими священниками, жившими среди народа и служившими бедным, и новыми, приехавшими с востока, общавшимися главным образом с англоязычными поселенцами и довольствовавшимися просто совершением мессы для обездоленных мексиканцев. Примером тому был конфликт между отцом Антонио Хосе Мартинесом, известным коренному населению под именем "священник из Таоса", и генеральным викарием Нью-Мексико Жаном Лами. Хотя Лами был французом по происхождению, он служил при диоцезе Балтиморы и был близким другом многих новых граждан этого района, в том числе Кита Карсона. Мартинес с 1824 года возглавлял семинарию в Таосе, и большинство священнослужителей в этой местности прошло подготовку у него. Он открыто отрицал принцип безбрачия, тем не менее многие называли его святым, так как всю свою жизнь он посвящал заботе о бедных. Когда Лами предписал Мартинесу и другим мексиканским служителям уделять больше внимания взиманию десятин со своей паствы и передаче их в его канцелярию, они ответили, что считают аморальным и нехристианским делом собирать деньги у бедных и отдавать их богатым. Непокорного священника и его последователей Лами отлучил от церкви, но они продолжали служить мексиканцам в качестве священников и совершать таинства, пойдя на открытый разрыв с церковной иерархией. Так продолжалось и в течение нескольких лет после смерти Мартинеса в 1867 году. Когда это движение пошло на убыль, уменьшилось и число мексиканцев, желавших посвятить себя священническому служению. Лишь в XX веке на юго-западе появился католический епископ латиноамериканского происхождения.
Вопрос о рабстве еще в колониальные времена многим не давал жить со спокойной совестью. По мере приближения независимости все чаще раздавались голоса, утверждавшие, что в рождающемся новом государстве не должно быть этого недостойного института. Однако в связи с необходимостью выступить единым фронтом против Великобритании эти голоса были заглушены, и Соединенные Штаты, называя себя землей свободы, продолжали проводить рабовладельческую политику. Некоторые конфессии открыто осудили рабство. В 1776 году квакеры изгнали из своих рядов всех, кто не хотел отказаться от рабовладения. Американские методисты, организовавшие в 1784 году рождественскую конференцию, выступив самостоятельной церковью, тоже запретили рабовладение среди своих единоверцев. Против рабства выступали и многие баптисты, хотя у них не было общенациональной организации, которая могла бы принять аналогичные меры.
Но с течением времени позиции начали меняться. Твердыми оставались только "друзья", число которых, впрочем, было на Юге весьма небольшим. Методисты и баптисты, пытаясь привлечь на свою сторону белых рабовладельцев на Юге, умерили свое неприятие рабства. К 1843 году свыше тысячи методистских служителей и проповедников имели рабов. Позиции других конфессий тоже были противоречивыми. Например, в 1818 году Генеральная ассамблея пресвитерианской церкви, заявив, что рабовладение противоречит Божьему закону, в то же время выступила против его отмены и лишила сана служителя, ратовавшего за отмену.