Французские войска тотчас были направлены двумя колоннами к Санлукару и Роте, где им предстояло погрузиться на испанские суда для отправки во Францию. Их провели в обход Кордовы и Севильи, дабы уберечь от народной ярости, направив через менее значительные городки. Жители всех населенных пунктов встречали французских солдат со злобой. Мужчины, женщины и дети забрасывали камнями и даже ударяли ножами несчастных французов, которые, между тем, воевали без жестокости, страдали, но не мстили за истребление раненых и больных. Их старались устраивать на ночлег вне городских стен, в чистом поле, подобно стадам скота, чтобы избавить от еще более жестокого обращения. В Лебрихе и городах, близких к побережью, их остановили, под тем предлогом, что испанские корабли еще не готовы. Но вскоре они узнали причину задержки. Хунта Севильи, под властью самых низких демагогических страстей, отказалась признать Байленскую капитуляцию и объявила всех французов военнопленными. Один из доводов хунты состоял в том, что она не уверена в согласии англичан на свободный проход через море. То была ложь, ибо англичане, при всей их ожесточенности, выказывали к французским пленным великодушную жалость и вскоре пропустили по морю другие войска, которые были весьма заинтересованы удержать. Французские офицеры обратились к Томасу де Морле с протестом против бесчестного нарушения человеческих прав, но получили лишь самый неподобающий ответ, состоящий в том, что армия, поправшая все божеские и человеческие законы, утратила право взывать к справедливости испанской нации.
Разъяренные жители Лебрихи ворвались ночью в тюрьму, где содержался один из французских драгунских полков, и зверски зарезали семьдесят пять человек, в том числе двенадцать офицеров. Генералы, глубоко виноватые в том, что покинули войска, чтобы ехать отдельно со своими обозами, были сурово наказаны за подобную самоизоляцию. Едва они прибыли в Пуэрто-де-Санта-Мария со своими избавленными от досмотра фургонами, как народ, не сдержавшись при виде этих фургонов, где были свалены, как говорили, все богатства Кордовы, набросился на них, разбил и разграбил. Между тем, хотя эти фургоны содержали все сбережения офицеров и генералов и даже армейскую кассу, там оказалось, согласно самим испанским газетам, не более 1100—1200 тысяч реалов, то есть около 300 тысяч франков. Вот и весь результат разграбления Кордовы. Французских генералов отвели в Кадис и содержали как военнопленных, до их отправки во Францию, где их ожидали другие, но не менее безжалостные и строгие меры.
Такова была знаменитая Байленская капитуляция, имя которой в свое время произносилось столь же часто, как имена Аустерлица и Йены. В ту эпоху многие приписывали ужасающий разгром французской армии трусости и желанию генералов спасти фургоны с награбленными сокровищами Кордовы. В Андалусской кампании было совершено множество ошибок, но ни единого преступления против чести. И главной ошибкой была ошибка самого Наполеона. Породив событиями в Байонне неслыханную народную ярость, перед лицом которой всякая военная операция становилась крайне опасной, он ограничился отправкой восьми тысяч человек в Валенсию и двенадцати тысяч — в Кордову, полагая, очевидно, что этого достаточно. Он вскоре заметил свою ошибку, но было уже слишком поздно. За ошибкой Наполеона последовали военные ошибки генерала Дюпона и его помощника генерала Веделя. Оставив Кордову, чтобы приблизиться к ущельям Сьерра-Морена, генерал Дюпон должен был, по этой самой причине, приблизиться к ним вплотную и полностью закрыть их, а для этого расположиться в Байлене, что сделало бы всякое разделение его дивизий невозможным. Генерал Вед ель не должен был 16-го вести всю свою дивизию в Андухар и оставлять Байлен без прикрытия. Однако главные его ошибки состояли в том, что он последовал за генералом Дюфу-ром в Каролину, оставив Байлен во второй раз и не приняв никаких мер для его обороны, и не вернулся тотчас, когда вышел из заблуждения в Каролине, а потерял целый день в пустых промедлениях. Наконец, ошибка генералов из окружения Дюпона состояла в том, что они побудили его к капитуляции и выказали преступную слабость в переговорах, уступив угрозам испанских генералов, будто были не храбрецами, а самыми трусливыми из людей: еще одно доказательство того, что моральная храбрость и храбрость физическая суть два различных качества.
Весть об этом необычайном разгроме, которое в Мадриде считали невозможным после отправки к Дюпону дивизий Веделя и Гобера, принес Виллутре, которому поручили доставить Наполеону Байленскую конвенцию. Подробности поражения потрясли всех французов. Испанцы же были упоены гордостью, и имели право гордиться, однако не ловкостью и храбростью, выказанными в этих обстоятельствах, хотя они и храбро сражались, но теми препятствиями, которые порождало для французов их патриотическое восстание и которые стали главной причиной поражения генерала Дюпона.