Заслышав стрельбу, Наполеон послал генерала Матье Дюма с предписанием не предпринимать никаких наступательных действий, а только оборонять уже занятые участки, пока он не пришлет окончательные приказы, и помчался на правый фланг к Даву. По пути он отчетливо различил две австрийские колонны, которые, выйдя из-за Русбаха, атаковали деревни Глинцендорф и Гроссхофен. Его сопровождала бригада кирасиров Нансути с несколькими батареями легкой артиллерии. Наполеон направил их на фланг колонны, атаковавшей Гроссхофен, что оказалось весьма кстати, ибо эта колонна, устав бессмысленно терпеть смертоносный ружейный огонь, атаковала деревню в штыки и захватила ее. Но генерал Пюто, решив отбить ее, бросился в нее во главе резерва и, при поддержке легкой артиллерии Нансути, вновь завладел ею. Теснимые с фронта и обстреливаемые картечью с фланга, австрийцы были вынуждены отступить к Русбаху. То же самое произошло с колонной, которая, выдвинувшись из Нойзидля на Глинцендорф, оказалась перед правым флангом Гюдена и левым флангом Фриа-на, а с фланга была обстреляна легкой артиллерией генерала Арриги. Она также отступила на Русбах. Князь Розенберг уже собирался возобновить атаку с удвоенной энергией, когда эрцгерцог Карл, обоснованно полагая, что левый фланг вступил в бой преждевременно, приказал ему приостановиться. Тогда князь Розенберг вернулся на позицию на склонах Нойзидля за Русбахом.
В эту минуту грохот стрельбы и канонады раздавался уже по всей длине огромной линии в три лье, на которой столкнулись триста тысяч человек и одиннадцать тысяч орудий. Наполеон, видя всюду одновременную атаку неприятеля, но без какого-то ясного намерения, счел необходимым захватить высоты Нойзидля, дабы завладеть пунктом, в котором могли соединиться эрцгерцог Карл и эрцгерцог Иоганн. Осмотр местности подсказал, как одолеть этот род укрепленного лагеря. До Нойзидля составлявшие плато Ваграм высоты начинались от самых берегов Русбаха, но в Нойзидле и у квадратной башни они отступали назад и, удаляясь от Русбаха, представляли собой уже совсем пологий и легкодоступный склон. Тем самым, достаточно было перейти Русбах несколько правее и дальше от огня неприятеля, а затем развернуться, чтобы захватить линию высот и позицию австрийцев с фланга. Легкой кавалерии Монбрена и драгунам Груши было поручено быстро подготовить средства переправы. Затем дивизии Морана и Фриана получили приказ перейти Русбах и выдвигаться, образуя прямой угол с дивизиями Гюдена и Пюто, то есть в то время как последние будут атаковать плато с фронта, атаковать его сбоку и с тыла. Как только угол, вершину которого отмечала квадратная башня, будет захвачен, Наполеон намеревался двинуть Удино в атаку на Баумерсдорф, а Итальянскую армию — на Ваграм. После захвата этих пунктов эрцгерцог Иоганн мог сколько угодно появляться на поле сражения: он пришел бы лишь для того, чтобы стать свидетелем катастрофы.
Но едва были произведены эти диспозиции, как адъютанты, присланные Массена и Бернадоттом, возвестили Наполеону о неудачном начале боя на левом фланге и в центре и потребовали его присутствия и его помощи.
В центре и слева в самом деле произошли опасные, но вполне поправимые события. Бернадотт, принужденный накануне оставить Ваграм и отойти на Адерклаа, еще утром находился на этой позиции, представлявшей передовой пункт на острие изогнутой линии австрийцев. Согласно приказам эрцгерцога Карла, справа на Адерклаа спустился с высот Ваграма Беллегард со значительной частью своего корпуса, а слева на Зюссенбрунн выдвинулся кирасирский и гренадерский резерв. Бернадотт решил отойти на небольшое плато позади Адерклаа, чтобы приблизиться к Итальянской армии с одной стороны, а к корпусу Массена с другой. Но не успел он завершить это движение, как на него обрушились авангарды
Беллегарда, и завязался ожесточенный бой с саксонцами, неспособными долго продержаться против такой атаки. В результате Бернадотт был оттеснен далеко назад.