Однако индуктивный анализ опытных данных проводится, согласно глоссематической концепции, лишь на самом первом этапе, далее уже дедуктивно и произвольно строится исчисление, а «исчисление, дедуцируемое из установленного определения, независимо от какого-либо опыта, создает инструмент для описания и понимания данного текста и языка, на основе которого этот текст построен. Лингвистическая теория не может быть проверена (подтверждена или оценена) этими существующими текстами и языками. Она может только контролироваться испытаниями, проверяющими, является ли исчисление непротиворечивым и исчерпывающим». Если таких исчислений несколько, то выбор производится на основе принципа простоты.
Далее Л. Ельмслев выделяет основные понятия, связанные с анализом языка. Эти понятия он стремится сделать максимально общими, пригодными для самых различных случаев. В частности, для него не существует каких-либо специфических понятий для фонетики, морфологии или синтаксиса. Если традиционная лингвистика описывала каждый языковой ярус (уровень) в особых терминах, то для структурной лингвистики вообще был характерен поиск закономерностей, применимых и к звукам (фонемам), и к словам, и к предложениям. У Л. Ельмслева этот поиск дошел до крайней степени. Он выдвигает самые общие понятия, взятые из математики: это объекты, классы объектов, зависимости, или функции, между объектами, типы таких зависимостей (между двумя переменными, двумя постоянными, постоянной и переменной), логические операции с объектами (конъюнкции, дизъюнкции) и т. Д.
Ряд терминов, предложенных Л. Ельмслевом (далеко не все), сохранился в лингвистической литературе: детерминация, селекция, корреляция, реляция и т. д.Язык понимался в глоссематике, как и в других направлениях структурализма, как система знаков, однако понимание знака здесь достаточно своеобразно. Вслед за Ф. де Соссюром Л. Ельмслев исходил из двусторонности знака, предложив наряду с соссюровскими терминами «означающее» и «означаемое» свои термины «план выражения» и «план содержания», которые получили затем широкое распространение. Однако в двух существенных отношениях он разошелся с концепцией Ф. де Соссюра.
Во-первых, указывается, что «языки не могут описываться как чисто знаковые системы. По цели, обычно приписываемой им, они прежде всего знаковые системы; но по своей внутренней структуре они прежде всего нечто иное, а именно — системы фигур, которые могут быть использованы для построения знаков». Фигуры (термин, введенный Л. Ельмслевом) определяются как «незнаки, входящие в знаковую систему как часть знаков». Фигуры плана выражения — прежде всего фонемы. Но имеются и фигуры плана содержания, это компоненты значения тех или иных единиц, по отдельности не выражаемые. Поиск таких компонентов, существование которых подтверждается сопоставлением частично схожих по значению слов, корней или флективных аффиксов, был свойствен в то время не только глоссематике (см. ниже в главе о пражцах о понятии семы у В. Скалички).
Во-вторых, что еще более существенно, Л. Ельмслев решительно отказался от традиционного и сохраненного частью структуралистов представления о том, что «знак прежде всего есть знак
С таким пониманием знака связано и понимание в глоссематике формы и субстанции. И в содержании, и в выражении имеется специфичная форма, «которая независима и произвольна в отношении к материалу и формирует его в субстанцию». Ф. де Соссюр по вопросу о соотношении формы и субстанции не был вполне последователен: он то утверждал, что язык — форма, а не субстанция, и сопоставлял язык с шахматной игрой, для которой материал, из которого изготовлены фигуры, несуществен, то все же признавал важность звукового характера языковой субстанции и называл означающее «акустическим образом».
Л. Ельмслев последовательно встал на точку зрения, согласно которой язык (по крайней мере, язык в смысле языка-схемы, см. об этом ниже) представляет собой чистую форму, а звуковой характер субстанции случаен и не важен для его теории. В статье «Метод структурного анализа в лингвистике» он писал: «Любой звук может быть заменен иным звуком, или буквой, или условленным сигналом, система же остается той же самой». В связи с этим глоссематика не приняла методы фонемного анализа, разработанные в других школах структурализма, в частности, у Н. Трубецкого. Такие методы исходили из звукового характера фонемы, что было неприемлемо для Л. Ельмслева.