Во-первых, как отмечали уже первые американские антропологи, такие языки, как индейские языки Северной Америки, «не имеют истории». От них не осталось никаких письменных памятников, до прихода к ним антропологов никто эти языки никогда не записывал, поэтому необходимо было изучать их синхронные состояния. Это не означало неприменимость к индейским языкам сравнительно-исторического метода; многие американские лингвисты, включая Л. Блумфилда и Э. Сепира, занимались кроме всего прочего и реконструкцией индейских праязыков. Однако в любом случае синхронное описание языка стояло на первом плане. Поэтому в американской лингвистике не было дискуссий о синхронной и диахронной лингвистике, уже начиная с Ф. Боаса задача синхронного описания понималась как главная.
Во-вторых, традиционные принципы лингвистического описания, часто восходившие еще к античности, оказывались совершенно неприемлемыми. Например, при описании любого индейского языка вставал обычно не очень актуальный для специалистов по языкам Европы вопрос: как выделять слова в этом языке. Европейская традиция и сформировавшаяся на ее основе европейская и американская лингвистика до начала XX в. не имели четко разработанной процедуры членения текста на слова. В большинстве случаев такое членение основывалось на интуиции носителей языка, лишь в сложных периферийных случаях могли вырабатываться какие-то специальные процедуры. Однако при обращении к слишком далеким от языков Европы индейским языкам появилась необходимость выработки строгих критериев выделения слов. Тогда-то и было осознано, что в лингвистике таких критериев не было. Вопрос о том, что такое слово, был независимо от американской лингвистики поставлен и в Европе: можно здесь указать на Ш. Балли, Л. В. Щербу и др. Но в связи с описанием индейских языков вопрос о том, что такое слово, встал особенно остро.
Уже Ф. Боас писал: «Может показаться, что… слово… образует естественную единицу, из которой отроится предложение. В большинстве случаев, однако, легко показать, что это не так и что слово как таковое познается только в результате анализа. Это, в частности, ясно в случаях, когда мы имеем дело с предлогами, союзами и глагольными формами, относящимися к придаточным предложениям». В связи с этим он приводит любопытный пример: даже явно не представляющее собой слова английское окончание прошедшего времени — ed в определенном контексте может представлять собой целое высказывание. Если даже с европейскими языками, когда начинать их внимательно анализировать, все столь непросто, то тем более трудности составляют индейские языки: «При рассмотрении американских языков мы увидим, что эта практическая трудность будет многократно стоять перед нами и что невозможно с объективной уверенностью решить, правомерно ли считать определенную фонетическую группу независимым словом или же подчиненной частью слова». Ф. Боас начал заниматься выработкой специальных исследовательских процедур для выделения слов, позже эту работу продолжат Л. Блумфилд и другие ученые. Немалые трудности вызывали и проблемы сегментации текста на звуковые единицы, морфемного анализа, частей речи и т. д.