Как и другие французские структуралисты, Э. Бенвенист находился под значительным влиянием идей Ф. де Соссюра. В своей речи, произнесенной в Женевском университете по случаю 50-летия со дня смерти автора «Курса общей лингвистики», Э. Бенвенист говорил о нем: «Ныне нет лингвиста, который не был бы хоть чем-то ему обязан. Нет такой общей теории, которая не упоминала бы его имени». Подчеркивая то, что идеи Ф. де Соссюра сохраняют актуальность и спустя полвека, французский ученый в то же время отмечал: «Сегодня мы воспринимаем Соссюра совсем иначе, чем современники». Именно благодаря Ф. де Соссюру, по мнению Э. Бенвениста, «лингвистика стала фундаментальной наукой среди наук о человеке и обществе, одной из самых активных как в теоретических изысканиях, так и в развитии метода». Естественно, при этом Э. Бенвенист давал собственную интерпретацию соссюровского наследия, особо выделяя в нем в качестве главной идеи и центрального пункта принцип дуализма: «Язык, с какой бы точки зрения он ни изучался, всегда есть объект двойственный, состоящий из двух сторон, из которых одна существует лишь в силу существования другой». Перечисляются дуализмы такого рода у Ф. де Соссюра, среди которых дуализмы артикуляторно-акустический, звука и значения, индивида и общества, языка и речи, материального и несубстанционального, парадигматики и синтагматики, тождества и противопоставления, синхронического и диахронического и т. д.
Выводя всю современную лингвистику из Ф. де Соссюра (в юбилейной речи лишь вскользь упомянуты И. А. Бодуэн де Куртенэ и Н. В. Крушевский), Э. Бенвенист отмечал нечеткость и неразработанность ряда соссюровских положений, стараясь преодолеть эти недостатки. В ранней (1939) статье «Природа языкового знака» (единственный текст Э. Бенвениста, включенный в хрестоматию В. А. Звегинцева) он анализировал тезис о произвольности знака. Не отвергая, разумеется, этот тезис, Э. Бенвенист уточняет его, поскольку у Ф. де Соссюра он сформулирован недостаточно строго: «Присущая языку случайность проявляется в наименовании как звуковом символе реальности и затрагивает отношение этого символа к реальности. Но первичный элемент системы — знак — содержит означающее и означаемое, соединение между которыми следует признать необходимым, поскольку, существуя друг через друга, они совпадают в одной субстанции. Понимаемый таким образом абсолютный характер языкового знака требует в свою очередь диалектической необходимости постоянного противопоставления значимостей и составляет структурный принцип языка». То есть знак произволен с точки зрения именования внеязыковой действительности, но отношение между двумя сторонами знака и между знаками в системе никак не произвольно.