В ранний период своей деятельности Р. Якобсон разделял основные положения пражской теории, совмещая структурный и функциональный подходы к языку. Как и другие пражцы, он был сторонником достаточно широкого подхода к языку, имевшего однако свои пределы. Например, он, как и большинство структуралистов 20—40-х гг., был решительным противником психологизма в лингвистике, в частности, в фонологии. В лекции, прочитанной в 1942 г., уже в США, он писал: «Наследие „психофонетики“, пусть в скрытой форме, но еще живо… Мы продолжаем разыскивать эквиваленты фонем в сознании говорящего. Как это ни странно, лингвисты, занимающиеся изучением фонемы, больше всего любят подискутировать на тему о способе ее существования. Они, таким образом, бьются над вопросом, ответ на который, естественно, выходит за рамки лингвистики».
В то же время пражская фонологическая концепция, разработанная прежде всего Н. Трубецким, была далее развита Р. Якобсоном. По собственным свидетельствам последнего, во многом концепция дифференциальных признаков была результатом его последних дискуссий с Н. Трубецким в 1937–1938 гг. Уже в 1938 г. Р. Якобсон успел доложить Пражскому кружку свои идеи о возможности сведения фонем к комбинациям двоичных различительных (дифференциальных) признаков. Окончательно концепция сформулирована в известной работе, изданной в 1952 г. и выполненной Р. Якобсоном в соавторстве с американским лингвистом (также выходцем из России) М. Халле и крупным шведским специалистом по акустике речи Г. Фантом; по-русски эта работа «Введение в анализ речи: Различительные признаки и их корреляты» издана в 1962 г. во втором выпуске сборника «Новое в лингвистике». Здесь последовательно каждая из известных в языках мира фонем трактуется как «пучок дифференциальных признаков» Каждый из этих признаков в системе того или иного языка противопоставляет одни фонемы другим (один и тот же признак может в одном языке противопоставлять фонемы, в другом нет, в последнем случае он оказывается не дифференциальным и, следовательно, не фонологичным). С одной стороны, концепция дифференциальных признаков стала реализацией идей Ф. де Соссюра об описании языка целиком через структурные свойства, через различия. С другой стороны, дифференциальные признаки — не чисто оппозитивные сущности, каждый из них имеет положительное акустическое значение (здесь важно было содействие в работе акустика Г. Фанта). Многие из выделенных признаков являются уточненными коррелятами традиционных звуковых признаков, давно известных (гласность — согласность, распавшаяся на два признака: гласность — негласность и согласность — несогласность; звонкость — глухость и др.), некоторые признаки однако менее очевидны. Сущность фонемы исчерпывается дифференциальными признаками, тогда как соответствующие фонемам реальные звуки обладают также рядом других признаков, которые однако не имеют отношения к фонологии.
В пределах данной концепции впервые для одного из ярусов языка была предложена универсальная система единообразного описания, не зависящего от особенностей конкретного языка. Система дифференциальных признаков в разных языках, разумеется, может не вполне совпадать, однако общий набор признаков один и тот же для всех языков мира, хотя какие-то из признаков могут в части языков отсутствовать. Дальнейшее привлечение ранее не известного материала может только добавить к известным примерно двум десяткам дифференциальных признаков какие-то новые. Аналогичные идеи Р. Якобсон старался распространить на другие ярусы языка, примером чему служит упомянутая выше статья о русских падежах, где строились дифференциальные признаки грамматического значения. Однако ввиду слишком сложной структуры построить сколько-нибудь универсальную систему дифференциальных признаков для морфологии или семантики не удалось.
Последующее развитие лингвистической теории заставило Р. Якобсона в ряде пунктов пересмотреть ряд теоретических постулатов, свойственных раннему структурализму и часто прямо восходящих к Ф. де Соссюру. В этом отношении важно выступление Р. Якобсона на первом международном симпозиуме «Знак и система языка» в Эрфурте (ГДР) в 1959 г. Данное выступление, как и рассматриваемые ниже статьи Р. Якобсона «Значение лингвистических универсалий для языкознания» и «Лингвистика и теория связи», включено в хрестоматию В. А. Звегинцева. Здесь ученый подверг пересмотру ряд положений Ф. де Соссюра, так или иначе принимавшихся структуралистами межвоенных, а иногда и первых послевоенных лет.