Более высоко он оценивает идеи «Грамматики Пор-Рояля» и других исследований XVI–XVIII вв., которые он относит к «картезианской лингвистике» (у Н. Хомского есть даже специальная книга «Картезианская лингвистика», изданная в 1966 г.). Исторически это название не вполне точно, так как термин «картезианский» означает «связанный с учением Р. Декарта», а многие идеи об универсальных свойствах языка появились раньше. Однако главное, разумеется, не в этом. Важно, что и в философии Р. Декарта, и в теоретических рассуждениях лингвистов XVI–XVIII вв. Н. Хомский обнаружил идеи, созвучные собственным.
Универсальные грамматики типа «Грамматики Пор-Рояля» Н. Хомский оценивает как «первую действительно значительную общую теорию лингвистической структуры». В этих грамматиках «на первый план выдвигалась… проблема объяснения фактов использования языка на основе объяснительных гипотез, связанных с природой языка и, в конечном счете, с природой человеческого мышления». Н. Хомский подчеркивает, что их авторы не проявляли особого интереса к описанию конкретных фактов (что применительно к «Грамматике Пор-Рояля» не вполне верно), для них главным было построение объяснительной теории. Отмечается и интерес авторов «Грамматики Пор-Рояля» к синтаксису, нечастый для лингвистики прошлого, преимущественно сосредоточенной на фонетике и морфологии.
Н. Хомский уделяет особое внимание знаменитому анализу фразы
Как пишет Н. Хомский, «глубинная структура соотносится с поверхностной структурой посредством некоторых мыслительных операций, в современной терминологии, посредством грамматических трансформаций». Здесь американский лингвист включил в свою теорию первоначально главный ее компонент, унаследованный от концепции З. Харриса. Далее говорится: «Каждый язык может рассматриваться как определенное отношение между звуком и значением. Следуя за теорией Пор-Рояля до ее логического завершения, мы должны сказать тогда, что грамматика языка должна содержать систему правил, характеризующую глубинные и поверхностные структуры и трансформационное отношение между ними и при этом — если она нацелена на то, чтобы охватить творческий аспект использования языка — применимую к бесконечной совокупности пар глубинных и поверхностных структур».