X. Шухардт совмещал в себе блестящего эрудита и острого критика, хорошо подмечавшего слабые места современной ему науки. Слабее он был в творческом создании: трудно говорить о какой-либо последовательной его теории.
Как и его современники, X. Шухардт понимал языкознание как историческую науку, а основным научным методом считал индукцию, В последнем отношении он был более последователен, чем авторы младограмматического «манифеста»: он показывал, что выдвинутое там понятие фонетического закона по сути своей дедуктивно, индукция же, обобщение конкретных фактов не могут вывести законы, не знающие исключений. Но и дедуктивный подход, как показывает X. Шухардт, применяется младограмматиками нестрого: если за фонетическими законами признавать абсолютный характер, то понятие «исключение» утрачивает смысл, поскольку исключения оказываются результатом взаимодействия одних законов с другими.
Многократно критикуя понятие звукового закона, X. Шухардт приложил немало сил для того, чтобы показать множественность факторов, не позволяющих говорить о сколько-нибудь строгих законах. Безусловно, такие факторы многообразнее, чем аналогия, к которой младограмматики, особенно поначалу, пытались возводить все, что не могло быть подведено под законы. В частности, одним из первых X. Шухардт подробно изучил так называемое явление субстрата, не принимавшееся в расчет ранними компаративистами до А. Шлейхера и младограмматиков на начальном этапе. Явление субстрата связано с тем, что многие народы в ходе своей истории сменили язык, либо смешавшись с другим народом, либо переняв какой-либо язык, оказавшийся более престижным; при этом какие-то черты прежнего языка сохраняются. Субстратные элементы, часто отражающие следы тех языков, от которых не осталось более никаких других данных, весьма трудно интерпретировать компаративисту, а процесс перехода на другой язык нередко нарушал регулярность соответствий с другими языками. Подверг критике X. Шухардт и представление о праязыке как единой системе, указав, что он мог распадаться на диалекты, разграничение которых представляет большую трудность для компаративиста.