Среди отношений между членами языковой системы выделяются два основных типа. Во-первых, это отношения, основанные на линейном характере языка, отношения элементов, которые «выстраиваются один за другим в потоке речи». Такие отношения Ф. де Соссюр назвал синтагматическими. Другой тип отношений связан с тем, что языковые единицы ассоциируются с другими единицами в памяти (например, связываются между собой однокоренные слова, слова со сходством значения и т. д.). Такие отношения Ф. де Соссюр назвал ассоциативными. Позднее, в связи с полным отказом от психологизма в структурной лингвистике, вместо ассоциативных отношений стали говорить о парадигматических, при этом такие отношения обычно понимали более узко, чем ассоциативные отношения у Ф. де Соссюра: лишь как отношения, имеющие некоторое формальное выражение. Отметим, что выдвигая в общей теории принцип «от отношений к единицам», Ф. де Соссюр при любой конкретизации своей теории, в том числе при выделении типов отношений, возвращался к более привычному пути «от единиц к отношениям». Остается неясным, как можно было бы определить два типа отношений при последовательном проведении принципа «в языке нет ничего, кроме различий». Но само выделение двух типов отношений выявляло два основных класса явлений, которые описывались в традиционных грамматиках начиная с александрийцев. В связи с этим, не отрицая традиционного разделения грамматики на морфологию и синтаксис, Ф. де Соссюр предлагает другое членение: на теорию синтагм и теорию ассоциаций; в пределах морфологии, синтаксиса и лексикологии содержится проблематика, относящаяся как к первой, так и ко второй теории.
Наименее интересны в «Курсе общей лингвистики» разделы, посвященные диахронической лингвистике, а также фонологии. Здесь Ф. де Соссюр был менее оригинален. В общетеоретической части говорится о том, что «фонемы — это прежде всего оппозитивные, относительные и отрицательные сущности», однако фонологический раздел книги гораздо более традиционен, основное внимание здесь уделено тем признакам, которые Ф. де Соссюр однозначно относил к речевым (вплоть до строения гортани). Хотя в диахронической части «Курса» говорится и о лингвистической географии, и о лингвистической палеонтологии, и о других сюжетах, традиционно включавшихся в подобные издания, но вопреки этому диахроническая часть (и книга вообще) завершается уже упоминавшейся знаменитой фразой: «Единственным и истинным объектом лингвистики является язык, рассматриваемый в самом себе и для себя».
Концепция Ф. де Соссюра содержала в себе немало противоречий. Некоторые из них определялись историей подготовки к печати «Курса», составленного из разнородных и читавшихся в разное время лекций. Но многое было связано и с тем, что швейцарский ученый не успел проработать свою концепцию до конца (из-за чего его лекции и не предназначались к печати). Но и публикация «Курса» в том виде, в котором он стал известен мировой науке, значила очень много. Ряд идей там оказывался совершенно новым: достаточно назвать попытку рассмотрения языка как системы отношений или принципы семиологии (уже, правда, разрабатывавшиеся Ч, Пирсом, концепция которого, однако, вовремя не получила известности). Многие вопросы были впервые четко поставлены в «Курсе». Многие проблемы, над которыми бились поколения языковедов, были Ф. де Соссюром либо более или менее убедительно разрешены, как проблема социального и индивидуального в языке, либо просто «закрыты» (по крайней мере, для нескольких поколений лингвистов), как проблемы естественной связи звучания и значения, причин изменений в языке.
Но, пожалуй, главным результатом появления «Курса общей лингвистики» стало выделение круга первоочередных задач науки о языке. Разграничения языка и речи, синхронии и диахронии дали возможность выделить сравнительно узкую дисциплину с определенными границами — внутреннюю синхронную лингвистику. Ее проблематика ограничивалась одним из трех кардинальных вопросов языкознания, а именно вопросом «Как устроен язык?». Проблемами «Как развивается язык?» и «Как функционирует язык?», конечно, занимались тоже, но они отошли на второй план. Ограничение тематики давало возможность в этих узких рамках поднять теорию и методологию лингвистики на более высокий уровень.
Конечно, в резком изменении характера науки о языке (как сейчас принято говорить, в смене научной парадигмы) сыграл роль не только Ф. де Соссюр. Как обычно бывает в таких случаях, подобные идеи «носились в воздухе» и проявлялись одновременно у разных ученых. Выше уже говорилось об этом в связи с Ф. Ф. Фортунатовым и особенно с И. А. Бодуэном де Куртенэ. Однако именно в «Курсе общей лингвистики» Ф. де Соссюра (а точнее, Ф. де Соссюра, Ш. Балли и А. Сеше) новые подходы были сформулированы наиболее четко, и влияние именно этой книги оказалось наиболее значительным.