В России двумя крупнейшими учеными, следовавшими младограмматической традиции, были академик Филипп Федорович Фортунатов (1848–1914) и его ученик академик Алексей Александрович Шахматов (1864–1920), автор выдающихся работ по истории славянских языков и русскому синтаксису. Повлияли младограмматические идеи, особенно концепция Г. Пауля, и на Н. В. Крушевского и И. А. Бодуэна де Куртенэ, однако оба они, особенно последний, выходили за рамки младограмматизма и требуют, как и Ф. де Соссюр и А. Мейе, отдельного рассмотрения.
Ф. Ф. Фортунатов стажировался в Германии у крупнейших компаративистов того времени, а затем с 1876 г. по 1902 г. занимал кафедру сравнительной грамматики индоевропейских языков в Московском университете (покинул ее в связи с избранием в академики, требовавшим тогда переезда в Петербург). Он, как и Ф. де Соссюр, мало публиковался и выражал свои научные взгляды прежде всего в лекционных курсах для студентов, которые лишь размножались (литографировались) для студенческих нужд. Уже в советское время часть этих курсов вошла в двухтомник избранных трудов Ф. Ф. Фортунатова, а многие из них до сих пор не изданы. В частности, до сих пор ждут публикации его лекции по типологии; он был одним из очень немногих ученых того времени, не отказавшихся от рассмотрения типологической проблематики. За четверть века Ф. Ф. Фортунатов читал самые разнообразные курсы как общего, так и конкретного характера от общего языкознания до литовского и готского языков. По основной профессии он, как и все младограмматики, был индоевропеистом, но в ряде курсов затрагивал и иные проблемы.
Вполне в традициях младограмматизма Ф. Ф. Фортунатов считал предметом науки о языке «человеческий язык в его истории». Проявляется у него и психологический подход к языку, однако, как и в отношении типологии, у него устойчиво сохранялся и интерес к реально забытой младограмматиками проблеме «язык и мышление».
Как и Г. Пауль, и, пожалуй, еще в большей степени, Ф. Ф. Фортунатов несколько вразрез с общими постулатами своего подхода занимался вопросами общих оснований грамматики вне какого-либо историзма. Грамматическая концепция Ф. Ф. Фортунатова оказала значительное влияние на русское и советское языкознание. В частности, большое значение имел подход Ф. Ф. Фортунатова к понятию формы слова: «Формой отдельных слов в собственном значении этого термина называется… способность отдельных слов выделять из себя для сознания говорящих формальную и основную принадлежность слова». То есть форма — психологически значимая членимость слова на основу и окончание. Разные формы одного слова (падежные, временные и т. д.) противопоставлены друг другу и образуют систему. Такое понимание формы слова, полемичное по отношению к более семантическому подходу к этому понятию у А. А. Потебни, предвосхищало системный подход к морфологии в структурной лингвистике. Концепция формы слова Ф. Ф. Фортунатова давала основы для разработки морфемного анализа, хотя понятия морфемы у него еще нет. К Ф. Ф. Фортунатову в отечественном языкознании восходят также строго морфологический подход к выделению частей речи, разграничение синтаксических и несинтаксических грамматических категорий и многое другое в теории грамматики.
Ф. Ф. Фортунатов, хорошо знавший математику, отличался стремлением к строгости и точности исследования. Эту строгость и точность, свойственные в конце XIX в. лишь компаративистике, он стремился ввести и в другие разделы науки о языке, в частности, в теорию грамматики. Эта строгость передалась его ученикам. Школа, им созданная, получила впоследствии от своих противников название «формальной», отличаясь в первую очередь стремлением к научной строгости, непротиворечивости исследования, к проверяемости результатов. Все это было созвучно тем изменениям, которые произошли в лингвистике в начале XX в., и неудивительно, что представители школы внесли большой вклад в развитие структурализма.
Создание Московской школы лингвистов оказалось, вероятно, главным итогом деятельности ученого. Его непосредственными учениками стали его преемник по кафедре в Московском университете Виктор Карлович Поржезинский (1870–1929) и видные русисты H. Н. Дурново и Д. Н. Ушаков, о которых будет сказано в главе о советском языкознании. Еще более значительным был вклад в науку следующего поколения школы, учившегося у учеников Ф. Ф. Фортунатова. Ведущую роль в советском языкознании играли Н. Ф. Яковлев, П. С. Кузнецов, В. Н. Сидоров, А. А. Реформатский и др., в зарубежном — Н. Трубецкой и Р. Якобсон, о каждом из них ниже будет говориться специально. Они в свою очередь подготовили учеников, и традиции Московской школы существуют до наших дней. А через Н. Трубецкого и Р. Якобсона ряд идей, восходящих к Ф. Ф. Фортунатову, вошел в мировую науку.