Версия Нилуса с его предисловием впервые была опубликована в петербургской газете "Знамя" (1903) известным черносотенцем, подстрекателем Кишиневского погрома П. Крушеваном под названием "Программа завоевания мира евреями". Осенью 1905 г. одновременно вышли в свет два издания ПСМ: в составе книги Нилуса "Великое в малом, или Антихрист как великая политическая возможность", излагающей историю его "духовных поисков" и отдельной книгой в редакции Бутми под названием "Корень наших бед". В предисловии ко 2-му изданию под новым названием "Обличительные речи: Враги рода человеческого" указана дата "перевода" рукописи – 9.12.1901; в примечании от имени переводчика говорится, что протоколы подписаны сионскими представителями, которых не надо смешивать с сионистами; однако издатель это примечание оспаривает. В 1911 г. выходит новое издание книги Нилуса под названием "Близ грядущий Антихрист". В предисловии издатель протоколов сообщает, что получил рукопись в 1901 г. и допускает мысль о недостоверности ПСМ: "Меня могут, пожалуй, упрекнуть – и справедливо – в апокрифичности представляемого документа". В 1917 г. Нилус вновь издает свою книгу под названием "Близ есть, при дверех", где объявляет, что он получил рукопись ПСМ от А. Сухотина и что протоколы – стратегический план завоевания мира, выработанный вождями еврейства и представленный Т. Герцлем на I Сионистском конгрессе.
Несмотря на отчаянные усилия фанатиков, ПСМ не нашли широкой поддержки в русском обществе. Даже такие лидеры черносотенцев, как публицист "Нового времени" М. Меньшиков, которого Ю. Глинка в 1902 г. пыталась уверить, что ПСМ действительно похищены ею из "еврейской столицы" Ниццы, отвернулись от неуклюжей подделки. Распространители ПСМ не сумели заручиться и поддержкой двора. Правда, в разгар революции 1905 г. ПСМ были представлены Николаю II и он, по свидетельству жандармского генерала, исписал поля экземпляра ПСМ пометами: "Какая глубина мысли!.. Какая точность в осуществлении программы!.. Не может быть никакого сомнения в их подлинности…" и т.п. Сотрудники заграничного отделения охранки, "обнаружившие" ПСМ, были щедро вознаграждены. Однако, когда деятели правого лагеря предложили проект широкого использования ПСМ для политической борьбы, председатель совета министров П.А. Столыпин велел провести секретное расследование и доложил царю о результатах, не оставлявших сомнений в подлоге. Николай II написал на проекте: "Протоколы изъять, нельзя чистое дело защищать грязными способами". Отрицательное отношение властей России к ПСМ проявлялось жестко: никаких ссылок на ПСМ не допускалось даже во время подготовки процесса М. Бейлиса.
ПСМ нашли некоторый отклик лишь в мистических кругах: есть ссылка на книгу Нилуса в магистерской диссертации П. Флоренского; идею о подлинности ПСМ утверждал архиепископ Вологодский Никон; в художественной литературе "антимасонскую" традицию поддержала Е. Шабельская романами "Сатанисты XX века" (1909) и "Красные и черные" (1911), где немало страниц посвящено заседаниям еврейских заговорщиков, во главе которого стоит персонаж, напоминающий С.Ю. Витте; речи заговорщиков повторяют монологи "мудрецов".
В годы первой мировой войны ПСМ впервые вышли за пределы России: дядя царя, вел. кн. Николай Николаевич, командующий Кавказским фронтом, известный гонитель евреев, велел перевести протоколы на английский язык и распространить среди союзников; по воспоминаниям X. Вейцмана, ПСМ были популярны у британских офицеров на Ближнем Востоке.
1918 г. был переломным в истории ПСМ. Убийство революционным властями России царской семьи вызвало волну массового, мистически окрашенного интереса к антисемитской фальшивке. Известие о том, что следователи армии Колчака обнаружили в комнате императрицы Александры Федоровны подаренную ей за несколько месяцев до того книгу Нилуса "Великое в малом" (вместе с Библией и "Войной и миром" Л. Толстого) было воспринято в монархических и экзальтированных христианских кругах как завещание царицы-мученицы, указывающее на евреев – истинных виновников трагедии. Издания ПСМ появились в Новочеркасске, Ростове-на-Дону, Харькове; к распространению их в белых армиях приложил руку известный антисемит В. Пуришкевич, служивший в отделе пропаганды Добровольческой армии. По свидетельству М. Новомейского и некоторых других, "жидо-масонский заговор" стал навязчивой идеей адмирала Колчака: новые издания ПСМ появились в Омске, Иркутске, Владивостоке, Хабаровске. В белогвардейской печати также публиковался в разных вариантах "документ Цундера" (новая версия "письма Кремье"), найденный якобы среди бумаг командира Красной Армии. Пропаганда ПСМ и других фальшивок в белых армиях и войсках Петлюры спровоцировала жесточайшие погромы с невиданным прежде числом жертв.