Генерал К.П. Кауфман, бывший губернатором Западного края в 1865- 1866 гг., поручил Брафману сбор кагальных актов. Документы и записки Брафман предоставил начальству. Для рассмотрения предъявленных Брафманом обвинений еврейским общинам в крае была создана так называемая Виленская комиссия, в состав которой по требованию К.П. Кауфмана (затем при сменившем его на губернаторском посту генерале А.Л. Потапове) были введены и евреи. Отстаивая права и обычаи своего народа, еврейские представители пытались доказать недобросовестность Брафмана. Однако это не остановило Брафмана, и он, используя помощь учеников раввинских школ, перевел собранные им документы на русский язык, а в 1869 г. выпустил их отдельным изданием под названием "Книга Кагала".
Еврейские писатели резко осудили книгу и утверждали, что Брафман воспроизвел кагальные акты в частично искаженном виде, а его переводы во многом были неточными, да и комментарий издателя страдал ошибками и подчас заведомо ложными положениями. Однако русская администрация встретила ее с полным доверием: К.П. Кауфман в беседе с И. Гордоном рассказывал, что несколько десятков экземпляров книги Брафмана были присланы в Туркестан для рассылки в присутственные места, и ее чтение должностными лицами для знакомства с еврейским бытом было обязательным23. Государственные чиновники впоследствии на "Книгу Кагала" ссылались как на свод законов, и она выдержала несколько переизданий.
В 1876 г. Брафман опубликовал статью в полулиберальном "Голосе" с резкими нападками на Общество распространения просвещения между евреями. Особенное место в этих нападках занимала критика деятельности организации Альянс Израэли, которая была представлена в качестве "всесильного и всемирного" органа еврейского самоуправления.
Переиздания "Книги Кагала", дополненные рядом материалов, усиливавших ее антиеврейский пафос, так же как статьи и выступления Брафмана, по признанию всех авторов, писавших о нем, способствовали росту антисемитизма в России (достаточно вспомнить, что Ф.М. Достоевский в 1877 г. выступил с инвективой в "Дневнике писателя" против нахлынувших "всем кагалом" евреев, которые "создали" государство в государстве и "захватили" в свои руки финансовое дело24). Переведенная целиком на французский и польский, а в извлечениях на английский и немецкий, "Книга Кагала" стала подспорьем и для европейских антисемитов.
За заслуги перед правительством, и за участие в Комиссии по всесословной воинской повинности Брафман в 1871 г. был награжден орденом св. Владимира четвертой степени. Он неоднократно получал от правительства "денежные подношения". После смерти Брафмана продолжателем дела "разоблачения еврейской зловредности" стал его сын Александр.
Предисловие к "Книге Кагала" во многом послужило "научной базой" для "ревнителей" из беллетристов (Б. Маркевич, Вс. Крестовский и т.д.) и публицистов (А. Шмаков, С. Нилус и др.). Интересно, что Г. Шварц-Бостунич в 1928 г. отмечал, что "крещеный раввин (у антисемитов всякий выкрест почему-то оказывается обязательно раввином. – С.Д.) Яков Брафман разоблачил часть "жидовских тайн" в знаменитой "Книге Кагала", выпущенной в Петербурге и скупленной жидами"25.
В "Книге Кагала" содержится 285 кагальных актов еврейской общины г. Минска, относящихся к 1794-1803 гг. Многие из них при переводе были существенно искажены, а в комментариях составителя, призванных доказать "независимость кагала", произвольно истолковывалось большинство решений.
В своем предисловии Я. Брафман выдвинул ряд положений, суть которых сводилась к определению "состава преступления" евреев Западного края. Так, например, цитата из акта № 797 в переводе Брафмана ("Решено возобновить царство нашего Государя, морейне, учителя нашего и великого раввина Израиля, чтобы он оставался раввином и председателем бет-дина нашего города еще на десять лет"26) была интерпретирована в том смысле, что "наш Государь" (морейну, раввин, учитель) противопоставлялся "ихнему" Государю, следовательно, община, дескать, была подчинена прежде всего "своему", а затем уже "гойскому" царю. По Брафману, из этого положения следует, что соблюдение общинного правопорядка для евреев предпочтительнее соблюдения государственного27.
Органом управления при "нашем Государе" у евреев выступает кагальный совет, а законодательным – бет-дин, находящийся в подчинении у кагальных начальников. Поэтому кагальные акты за № 155 и № 156 по поводу наказания непослушных, равно как и определения о "тайных преследователях"28, были истолкованы Брафманом в соответствии с общей концепцией еврейского самоуправления.