Подобно неудачам, которые турки потерпели под Веной в 1529 и 1683 годах, сражение при Лепанто является событием, которое в западном понимании едва спасло христианский мир от завоевания «неверными турками». Он было множество раз описано очевидцами, а впоследствии и историками, но ни один турецкий очевидец этого сражения не счел нужным сохранить свои воспоминания о нем для потомков. На самом деле, после этого сражения в живых остались лишь немногие моряки османской эскадры. У дона Хуана было свыше двухсот галер (вёсельных военных кораблей, вооруженных пушками) и шесть галеасов (которые в сущности являлись большими галерами, вооруженными более крупными орудиями), тогда как турки располагали еще большим числом судов, но у них не было галеасов. Перемена ветра означала, что во время сражения на море будет штиль, и огонь тяжелых орудий может достичь максимальной эффективности. Непрерывно ведя огонь с близкой дистанции по кораблям османской эскадры, эти орудия оказались решающим доводом в пользу христиан. Большинство кораблей османской эскадры сгорело и затонуло. После того как сражение закончилось (а продолжалось оно четыре часа), начался сильный шторм, который покончил с теми, кто мог надеяться на спасение.
В 1572 году дон Хуан снова вышел в море, но эйфория христиан, которые планировали будущие нападения на османские территории, вскоре закончилась. Всю зиму турки занимались строительством новой эскадры, взамен той, которая была потеряна при Лепанто. Поскольку Мухсинзаде Али-паша в том сражении был убит, командование поручили Кылыч Али-паше, назначив его главным адмиралом. Две эскадры вступали в стычки у берегов Пелопоннеса, но все они закончились безрезультатно, и победа ускользнула от уже предвкушавших ее христиан. Их лига стала разваливаться, и в 1573 году союзная эскадра уже не вышла в море, как это было запланировано. Вместо этого Венеция попыталась заключить мир через своего представителя в Стамбуле, который с весны 1570 года, когда начались военные действия, находился под домашним арестом. Помимо того, что Венеция признала потерю Кипра, она выплатила туркам контрибуцию в размере 300 000 дукатов. Стороны обменялись пленными, а на Адриатическом побережье были установлены границы, которые существовали до 1570 года.
Впрочем один человек, по крайней мере с победившей стороны, так и не получил то, что он надеялся получить от этого договора. Этим человеком оказался еврей-сефард Иосиф Наси, который был банкиром и купцом, а также близким доверенным лицом султана Селима. В качестве признания той поддержки, которую он оказал Селиму в его борьбе с братом Баязидом, Наси был награжден титулом герцога Наксоса, а вместе с ним и значительными доходами, которые приносили таможенные сборы с торговли вином, производившемся на этом острове. Считалось, что потом он захотел, чтобы его сделали королем Кипра. Европейские историки того времени явно приписывали ему подстрекательство Селима объявить в 1569 году войну Венеции. Ходили слухи, что он держал наготове флаг, украшенный гербом Венеции и вышитой золотыми буквами надписью «Иосиф Наси, король Кипра». Но султан решил передать доходы этого острова казне, и Наси был разочарован.
Когда настало время переселять на Кипр подданных империи, турки столкнулись с серьезными трудностями, связанными с отсутствием стимулов для добровольной иммиграции из Малой Азии. Остров был лишен тех привлекательных особенностей, которыми, например, обладали территории, недавно завоеванные на Румелийском фронте, и не сулил тех утешений, которые дал Стамбул после того, как в 1453 году он пал перед Мехмедом II. Более того, летом климат острова был невыносимо жарким, а пастбищные земли встречались редко. Должно быть, нашлись и добровольцы, но все же преобладало принудительное переселение: незамужних женщин посылали туда в качестве невест для солдат, служивших в гарнизонах крепостей острова. Трудолюбивых крестьян с хорошей репутацией перевозили туда, обещая им землю и ослабление налогового бремени. Многие из подлежавших переселению скрывались от властей, пока их не задерживали, а многим другим удалось вернуться на материк, что не могло не вызывать обеспокоенности правительства, которое прибегло к высылке на остров нежелательных лиц. Возможно, что именно этот ранний прецедент лег в основу британской политики депортации мелких преступников в Австралию. Туда посылали тех, кого подозревали в симпатиях к секте кызылбашей, к членам которой в конце XVI века снова относились с настороженностью, и тех, кого считали представляющими угрозу стабильности общества. Среди последних были непокорные учащиеся духовных учебных заведений, бандиты и мелкие чиновники, которые впали в немилость.