В правление Дмитрия Донского произошел первый серьезный конфликт с церковью. У митрополита Алексея отношения с повзрослевшим Дмитрием складывались сложно. Алексей был противником обострения с Золотой Ордой. Не могло понравиться иерархам церкви и стремление усиливавшейся великокняжеской власти подчинить себе церковь, лишить ее самостоятельности. Теократические настроения митрополита тяготили Дмитрия.
Когда Алексей умирал, Дмитрий Донской потребовал у него санкционировать поставление митрополитом своего духовника и печатника Митяя. Митяй, будучи пострижен в монахи, после смерти Алексея поселился на митрополичьем дворе, а потом по распоряжению князя отправился на поставление в Константинополь. Высшие иерархи церкви повели борьбу против Митяя. На митрополичьей кафедре оказалось сразу несколько митрополитов, что привело к безвластию. В такой обстановке литовские князья стали стремиться создать свою самостоятельную митрополию для русских земель своего княжества. Сумятица на митрополичьей кафедре длилась 12 лет, до смерти Дмитрия Донского, после чего русским митрополитом стал Киприан, а затем его сменил Фотий. Оба они проводили независимую от власти политику, заботились о единстве русской митрополии и не допускали явной поддержки политики московского князя.
«Дело Митяя» было первой схваткой светской власти и церкви в борьбе друг с другом. Светская власть стремилась подчинить церковь, добиться от нее служения своим интересам. Церковь желала оставаться самостоятельной и не превращаться в слугу верховной светской власти, а заставить ее служить своим интересам. Эта борьба то громко, то глухо будет идти вплоть до Петра I. Но в первой острой схватке с церковью великокняжеская власть потерпела поражение. После «дела Митяя» власть и церковь поддерживали друг друга лишь настолько, насколько они нуждались друг в друге в процессе становления государства.
В правление великого князя Василия I Дмитриевича (1389–1425) в 1392 г. он откупил у Орды ярлык на Нижегородское княжество и присоединил его к Москве, вслед за ним к Москве были присоединены Муромское и Тарусское княжества. Женившись на дочери литовского князя Витовта Софье, Василий I нормализовал отношения с Литвой.
В начале 90-х годов XIV в. над Русью повисла опасность вторжения войск Тимура (Тамерлана). Начав с завоевания Средней Азии, он продолжил их на территории Золотой Орды и оказался в русских землях, дойдя в 1395 г. до Ельца. Навстречу ему выпели войска Василия I, но сражение не состоялось, так как Тимур, не желая затяжной борьбы в русских землях, повернул назад, удовлетворившись завоеванием Золотой Орды. В 1408 г. хан Едигей, ставший после смут и потрясений в Орде ее главой, решил заставить Москву, отказавшуюся платить в 90-е годы дань Орде, вновь уплачивать ее. Он совершил поход на русские земли, разорил многие из них, но Москву взять не смог. Однако Русь вновь стала платить «ордынский выход».
В конце XIV в. Василий I попытался ограничить независимость Новгорода Великого, отторгнув у него богатейшую колонию – Двинскую землю. Но сделать этого московский князь не смог. Наступление на Новгород было связано с осложнением в его взаимоотношениях с Москвой. В Новгороде стали усиливаться антимосковские позиции. Новгородский архиепископ Евфимий II усилил проводившуюся религиозными методами пропаганду новгородской старины и традиций независимости Новгорода от «низовских земель».
Московское влияние стало распространяться в бассейне реки Вычегда и ее притоков, где жили коми-зыряне. Их земли носили название Малая Пермь. Влияние Москвы стало распространяться также на верхней Каме и реке Чусовой, где жили коми-пермяки. Эта местность называлась Великая Пермь.
К концу правления Василия I Московское княжество по своей территории превосходило все другие. Суверенные князья начинали повиноваться московскому князю, а некоторые переходили к нему на службу, становясь его служилыми князьями. Бывшие самостоятельные княжества становились уездами, управлять которыми в качестве наместников назначались служилые князья. Таким образом, система управления начинала переходить от местной к общегосударственной. Войска всех княжеств подчинялись великому князю. От имени всех русских земель он вел переговоры с Ордой и Литвой.