На территории России население распределялось неравномерно. Самыми густонаселенными были центральные районы от Твери до Нижнего Новгорода и Новгородская земля, особенно ее южные пятины. Здесь плотность населения составляла 5 человек на 1 кв. км. Слабо были заселены окраины страны. На территории от Перми до Иртыша проживало не более 10 тыс. человек.
В XVI в. активно шли колонизационные процессы. Во второй половине столетия Ливонская война, опричнина, налоговая политика государства и начало создания государственной системы крепостного права, недостаток плодородных земель в центральных районах страны и наличие на окраинах страны массы свободных земель привели к перемещению из центра на окраины значительных масс людей. Колонизационные потоки двигались из центра на Север, в Приуралье, в Поволжье, на Дон, в Сибирь, в районы Дикого поля. Передвижка населения имела большое значение и неоднозначные последствия для страны.
Возможность уйти па новые земли в поисках лучшей доли, найти там плодородные почвы, укрыться от феодалов и государства, вырваться из бесправия и нищеты приводила к оттоку из центра обездоленной и недовольной части населения. С одной стороны, на окраины уходила наиболее опасная для государства часть населения, что ослабляло социальные конфликты в центральных районах страны, и в то же время происходило их запустение. С другой стороны, на окраинах России скапливалась масса социально нестабильных, недовольных своим положением людей, резко настроенных против той политики, которую проводило государство, а потому окраины становились местом, где начинались практически все антигосударственные бунты и мятежи. В то же время движение людей на новые места способствовало освоению этих территорий, развитию на них сельского и промыслового хозяйства, что в конечном итоге создавало основу для развития феодальных отношений вширь (на новые территории) и вглубь (вовлечение новых масс людей в феодальную зависимость и под жесткий контроль государства).
В XVI в. в стране господствующим хозяйственным укладом оставалось натуральное хозяйство. Россия в XVI столетии продолжала состоять из экономически не связанных между собой территорий. Основой экономики страны было сельское хозяйство. Центральные районы страны (исторический центр Северо-Восточной Руси) были землями с высоким уровнем земледелия и устойчивой трехпольной системой. В южных районах сохранялась переложная система. В некоторых районах Севера сохранялась подсека. При обработке вновь осваиваемых земель применяли «пашню наездом» (без правильного севооборота). В нечерноземных землях почву унавоживали. Развитие сельского хозяйства носило экстенсивный характер, чему способствовал территориальный рост России и вовлечение в сферу обработки присоединяемых земель.
Основным земледельческим орудием оставалась соха с железным наконечником (ральник), которая, однако, совершенствовалась: появилась соха с отвалом, которая при освоении новых земель обеспечивала лучшую вспашку, следствием чего был рост урожая. Основными культурами были рожь, овес, ячмень. Сеяли также, но реже, пшеницу, просо, гречиху. В Новгородско-Псковской и Смоленской землях большую площадь занимали посевы льна – культуры, требовавшей мало солнца, но большого количества влаги.
Крестьянское хозяйство в основном оставалось потребительским и работало на удовлетворение потребностей крестьянской семьи в пище, одежде, жилище и на создание условий для простого производства. Его расширению препятствовали природно-климатические условия, малоплодородные почвы, традиционные методы ведения хозяйства, в которые крестьяне не стремились вносить существенные новации. Все это делало крестьянское хозяйство уязвимым от всякого рода случайностей, происходивших от внешних факторов, а также от политики государства. Если в достаточно благоприятных условиях первой половины XVI в. крестьянское хозяйство развивалось и было достаточно устойчивым, то политика опричнины, налоговые тяготы двадцати пяти лет Ливонской войны, неурожаи 60‑х годов, эпидемия чумы 70‑х годов болезненно ударили по крестьянскому хозяйству и привели к экономическому разорению страны («поруха» 70‑80‑х гг. XVI в.). «Поруху» удалось преодолеть, и к началу 80‑х годов сложились условия для хозяйственного подъема. Однако экстенсивный характер развития сельского хозяйства делал его крайне уязвимым.
Три неурожайных года в начале XVII в. привели сельское хозяйство к краху, и страна была поставлена на грань катастрофы.
В центральных районах России развивалось продуктивное скотоводство. Оно было основным занятием населения, жившего в Поволжье от Углича до Кинешмы. На севере и северо-востоке занимались добычей пушного зверя, рыбной ловлей, солеварением. В районах, малопригодных для развития земледелия, население начинало заниматься торгами и промыслом. В Тверской и Новгородской землях появились непашенные села и торговые села («рядки»). На базе болотных руд стали возникать центры железоделательного производства, например Устюжна Железопольская.