Хотя образцом для него должен был служить владимирский собор, однако сооружение Аристотеля получило некоторые существенные отличия. Во-первых, владимирский храм почти квадратный, а московский, по выражению летописи, продолговат и заложен «палатным образом» (т. е. подобно дому); длина его почти на четверть более его ширины. Во владимирском четыре основных столпа, два алтарных и два посреди церкви; а в московском по его длине понадобилось шесть столпов; из них два алтарных сохранили свою четырехгранную форму; а четыре остальных получили форму круглую, дотоле в русских храмах необычную. Число глав тоже пять, как и во Владимире: но там три алтарных выступа, а в Москве пять. В алтаре за престолом, над митрополичьим местом, Аристотель высек на камне крест продолговатой латинской формы; но митрополит потом велел его стесать. Наружные украшения московского собора оказались гораздо проще и беднее владимирского (сохранились только следы пояса из небольших колонок с арками). Очевидно, Аристотель умел хорошо и прочно строить, но не был искусен в орнаментации. О прочной постройке храма свидетельствует его более чем четырехсотлетнее незыблемое существование. И он недаром получил значение московского паладиума, или главной святыни. Это значение укреплено несколькими знаменитыми иконами, собранными сюда из разных частей Руси. Между ними главное место занимают: икона Всемилостивого Спаса, по преданию написанная императором Мануилом, перенесенная из Новгорода Иваном III и помещенная по правую сторону царских врат, а по левую сторону известная икона Владимирской Богоматери, перенесенная из Владимира во время Тамерланова нашествия при Василии Дмитриевиче.
Кроме Успенского собора, Иван III заново переделал придворный Благовещенский собор; а в конце своего княжения велел разобрать и вновь построить в большем размере Архангельский, служивший усыпальницей московских князей и сделавшийся для того уже тесным.
Рядом с этими соборами великий князь, по примеру других европейских государей, озаботился и для собственного пребывания воздвигнуть красивый каменный терем или дворец; он был заложен после страшного пожара, испепелившего большую часть Москвы (в 1493 г.). Еще прежде того на своем княжьем дворе он построил обширную, светлую каменную палату, которая впоследствии от своих граненых снаружи стен получила название Грановитой. Она назначалась для торжественных приемов, особенно иноземных послов, и сохранилась до нашего времени. Подражая государю, митрополит, некоторые бояре и богатые люди построили себе также каменные дома, например бояре Василий Федорович Образец и ближний государев слуга Ховрин. Далее, великий князь, вместо старых дубовых стен Московского Кремля, построил каменные зубчатые с башнями или стрельницами; под некоторыми башнями проведены из Кремля подземные ходы или тайники к Москве-реке для снабжения водой на случай осады. При постройке этих стен старый Кремль был расширен со стороны Неглинной; здесь великий князь приказал снести дворы и даже церкви, чтобы оставить свободное пространство между посадом и Кремлем; на этом пространстве был разведен сад. Такое распоряжение великого князя, однако, не обошлось без ропота: некоторые духовные лица были недовольны тем, что переставляли церкви и потревожили прах погребенных при них покойников, которых кости вынесены были за город на Дорогомиловское кладбище. Не ограничиваясь столицей, Иван воздвигал каменные крепости и в других городах; между прочим, он построил новые каменные стены в Новгородском кремле на старой основе.
Все важнейшие каменные сооружения исполнены были под руководством иноземных мастеров, особенно итальянских, каковы, кроме Аристотеля: Пьетро Антонио Соляри, зодчий кремлевских стен; Алевиз, вместе с Соляри переделавший Благовещенский собор, потом строитель Архангельского собора и Кремлевского дворца, и другие. С подобными художниками проник тогда в Россию и самый стиль Возрождения; в храмовом зодчестве он явился здесь в соединении с прежним византийско-русским стилем. Что же касается до церковной живописи, то она всецело оставалась в руках русских иконных мастеров; между последними славились в эту эпоху Дионисий-иконник и его товарищи поп Тимофей, Ярец и Коня. Ими, вероятно, начато было внутреннее расписание Успенского собора; по крайней мере, известно, что они написали на алтарной преграде «Деисус с праздники и пророки». Окончено было это внутреннее расписание уже при сыне и преемнике Ивана III.