Шесть лет оборонялись от правительственных войск монахи Соловецкого монастыря, не принявшие новых книг и обрядов. Захватив обитель, царские воеводы казнили лютыми казнями более 500 ее защитников. Правительственная «охота» на старообрядцев продолжалась более 100 лет, пока Екатерина II не прекратила это самоистребление русского народа. Но было уже поздно. Раскол, поразивший некогда единую нацию, оказался крайне вредным для ее духовного благополучия и существования в будущем.
Начатая Никоном церковная реформа взбудоражила всех православных. Оказалось, что те, с кем дружил ранее Никон, в частности Иван Неронов, Аввакум Петров, стали его врагами. Никон без сожаления отправлял их в ссылку, подвергал жестоким преследованиям. Более того, в 1656 г. патриарх добился, чтобы Священный собор отлучил от церкви всех защитников старых обрядов. Это было страшное наказание для православного верующего человека. Но вскоре дала трещину, а потом и раскололась дружба Никона и царя. Гордыня Никона, его страстное желание повелевать царем стали нетерпимы для Алексея Михайловича.
10 июля 1658 г. боярин князь Юрий Ромодановский объявил патриарху царский гнев за самовольное присвоение им титула «Великого государя», уравнивавшего его с самодержцем. Никон в раздражении заявил: «От сего времени не буду вам патриарх». И уехал в свой любимый Новоиерусалимский Воскресенский монастырь. Он думал, что мягкий Алексей Михайлович погневается, посердится, а потом «заскучает за своим собинным другом» и позовет его обратно в Москву. Но шло время, а царь не ехал и писем бывшему другу не слал. Тогда в 1659 г. Никон сам написал царю письмо.
В нем он опять пытался шантажировать царя, играя на его человеколюбии и искренней вере. При этом он писал, что останется патриархом до тех пор, пока его не лишат чина вселенские патриархи. Долго тянулась ссора двух бывших друзей. Но Алексей Михайлович, как ни тяжело ему было, решил пройти этот путь до конца. «Тишайший» царь умел быть и твердым, и жестоким. В 1666 г. Священный собор с участием антиохийского и александрийского патриархов низложил Никона и отправил его под конвоем в Ферапонтов монастырь.
Вступив на престол после смерти отца, царя Алексея, в 1676 г., новый государь Федор Алексеевич посетил Новый Иерусалим. Он восхитился творением Никона и решил достроить монастырь, предоставив его Никону под резиденцию. За опальным патриархом послали в Ферапонтов монастырь. Он, несмотря на болезнь, быстро собрался и поехал в столицу, но 17 августа 1681 г. умер в дороге. Известно, что Федор собирался назначить четырех патриархов (в Новгороде, Казани, Крутицах и Ростове), а Никона сделать русским папой. Со смертью Никона от этого замысла отказались.
А в это время протопоп Аввакум со своими сподвижниками уже давно сидел в Пустозерске, в подземной тюрьме. Пока был жив царь Алексей, протопоп писал ему гневные письма: «Ты ведь Михайлович, русак, а не грек. Говори своим природным языком; не уничижай его и в церкви, и в дому, и в пословицах… Перестань-ко ты нас мучить тово! Возьми еретиков тех, погубивших душу свою, и пережги их, скверных собак, латынников и жидов, а нас распусти, природных своих. Право, будет хорошо». Но уже не слушал его царь Алексей. Не стал слушать челобитные Аввакума и царь Федор. Тем временем сторонники старообрядцев все смелели. Дело дошло до того, что «грамотки» и послания Аввакума разбрасывали по Москве даже в присутствии царя. Власть же не без оснований опасалась Аввакума. Он и его энергичные сподвижники, движимые пламенной верой, окруженные ореолом мучеников и страстотерпцев за «истинную веру», все больше раскачивали здание господствующей церкви.
Созванный в 1681—1682 гг. церковный собор приговорил Аввакума и ряд видных старообрядцев к сожжению. 14 апреля 1682 г. Аввакума и его соузников по подземной тюрьме «за великие на царский дом хулы» сожгли заживо в срубе, наполненном дровами и горючим материалом.
1658 – Основание Новоиерусалимского Воскресенского монастыря