Роман завершается на драматической, если не трагической ноте. Все три главных героя — участники «любовного треугольника» — несчастны: спивается Круциферский; Любонька, истерзанная внутренней борьбой, угасает в чахотке; Бель-тов под давлением обстоятельств вынужден уехать из города. Такой финал есть своего рода ответ на вопрос «кто виноват?», вынесенный в название романа. Ответ ясно не сформулирован и потому заведомо неоднозначен. Но в любом случае он направлен против мнения, что основная вина лежит на героях, нарушивших традиционные правила семейного общежития и религиозного долга. Исходя из общей концепции произведения, можно сказать, что такое мнение опровергается как минимум двумя положениями, в равной мере выводимыми из текста романа. Первое: в том, что случилось, не виноват никто, потому что происшедшее было неизбежным следствием цепляющихся друг за друга «материальных» причин, действующих как в природе, так и в человеческом обществе, и поэтому искать виновных среди людей, тем более конкретных людей, было бы по отношению к ним несправедливо и немилосердно (на такое толкование частично намекает и эпиграф к роману: «А случай сей за неоткрытием виновных предать воле Божи-ей...»). Второе: виноваты не отдельные люди, а само «безумное» общество, с древних времен живущее ложными понятиями о природе и назначении человека и на корню губящее все попытки отдельных индивидуумов противостоять этому всеобщему «безумию». Первое положение ближе воззрениям доктора Крупова (и A.A. Яковлева), второе — сен-симонизму, Фейербаху и «критическому субъективизму» Белинского и других западников либеральной ориентации.
Авторская позиция оригинально сочетает в себе оба положения: социальный критицизм помогает писателю преодолеть пессимистический взгляд на возможность реформирования человеческой природы, и в то же время трезвая научная объективность позволяет усомниться в обоснованности оптимистических социальных прогнозов. В итоге более сложный и глобальный философский вопрос, стоящий за вопросом «кто виноват?»: возможно ли вообще преодолеть косные структуры традиционного общества, коль скоро они часть природы, перед которой следует смиряться как перед неизбежностью, — остается открытым.
Вслед за романом «Кто виноват?» Герценом были написаны повести «Сорока-воровка» (1846) и «Доктор Крупов» (1846), по-своему развивающие проблемы, затронутые в романе. В повести «Сорока-воровка» Герцен, как типичный за-падник-либерал, обличает несовершенство российского социума, усматривая одно из главных его зол в крепостном праве. Но проблематика повести, как всегда у Герцена, шире прямолинейного обличения. Жертвой крепостного закабаления в произведении оказывается талантливая русская актриса — человек с ярко выраженным чувством собственного достоинства, невероятным самообладанием и высочайшей, не характерной для обычной крестьянки, внутренней культурой европейского образца. Образ героини, Анеты, по силе характера и известной идеализированности еще больше, чем образ Любоньки Круциферской, напоминает героинь Жорж Санд и является живой иллюстрацией сен-симонистской идеи о насущной необходимости эмансипации женщины, достоинства и таланты которой недооцениваются и подавляются современным обществом.