Изображение событий двенадцатого года было бы неполным без описания партизанской войны, принимающего в романе глубоко значимый образ «дубины народной войны». Подлинный патриотизм, чувство оскорбленной национальной гордости вызывают стихийное народное сопротивление врагу. Действия регулярной армии и партизанских отрядов превращают в героев обычных, незаметных в мирное время людей. Среди персонажей романа целый ряд таких «незаметных» героев — капитан Тушин, Тихон Щербатый, старостиха Василиса и др. Не остается в стороне от военных событий и мирное население, вносящее свой вклад в общее дело. Не смиряются с наступлением неприятельской армии жители Смоленска, москвичи покидают свой город перед вступлением французов.
Толстой определяет войну как событие, «противное человеческому разуму и всей человеческой природе». Это определение полностью оправдывается, так как война не только противоречит разуму и природе, но и разделяет людей на враждующие армии, а русское общество еще и по отношению к происходящим событиям. Петербургский свет всего лишь маскируется патриотическими речами, находясь вдали от театра военных действий и не будучи душевно захвачен происходящими событиями. В армии среди большинства подлинных патриотов и героев есть офицеры, думающие лишь о продвижении по службе, чинах и крестах.
Более всего противоестественность войны заметна при сопоставлении с естественным течением «общей, роевой» жизни людей. Во втором томе романа среди рассуждений о превратностях политики Толстой высказывает заветную мысль, ставшую одним из оснований его философских взглядов. Это мысль о вечной целесообразности и ценности настоящей человеческой жизни, о ее независимости от всего внешнего: «Жизнь между тем, настоящая жизнь людей с своими существенными интересами мысли, науки, поэзии, музыки, любви, дружбы, ненависти, страстей, шла как и всегда независимо и вне политической близости и вражды с Наполеоном Бонапарте и вне всех возможных преобразований».
На поиски смысла «настоящей жизни» направлены устремления главных героев «Войны и мира». Это Андрей Болконский и Пьер Безухов (Петр Лабазов по первоначальному замыслу). Эти герои несут в романе основную смысловую и философскую нагрузку, продолжая череду толстовских интеллектуальных героев с аналитическим складом ума, отчасти напоминающим склад ума самого автора. В них одновременно соединяются черты молодого поколения 10—20-х годов (с их увлеченностью философией, французской революцией, масонством и декабристскими идеями) и поколения 60-х годов XIX в., искания которого были отмечены большей глубиной и драматизмом стоявших перед ними жизненных вопросов.
Андрей Болконский — сын богатого, знатного и уважаемого светом вельможи екатерининской эпохи, воспитанный и образованный в лучших традициях рубежа XVIII—XIX вв. Это блестящий молодой человек, делающий успешную служебную и светскую карьеру. За безукоризненной светской внешностью кроется умный, смелый, педантично честный, глубоко порядочный и гордый человек с сильной волей. Гордость князя Андрея — «родовая» черта Болконских, которая проявляется у него еще и как «гордость мысли». Пьер Безухов отмечает в своем друге «способности мечтательного философствования». Жизнь князя Андрея наполнена напряженными интеллектуальными и духовными исканиями, составляющими эволюцию его богатого внутреннего мира.
В начале романа, будучи вполне сложившимся семейным человеком, Болконский не удовлетворен своим положением, он мечтает прославиться, послужить общему благу. Ему кажется, что для этого, подобно его кумиру Наполеону, нужно найти удобный случай, «свой Тулон», который помог бы ему проявить нераскрытые способности. Начавшаяся кампания 1805 г. побуждает Болконского вступить в действующую армию, где он участвует в Шенграбенском и Аустерлицком сражениях. «Свой Тулон» князь Андрей находит на поле Аустерлица, когда совершает подвиг, бросаясь вперед со знаменем в руках и пытаясь остановить бегущих солдат. Будучи тяжело раненным и глядя в бездонное небо над своей головой, князь Андрей понимает ошибочность прежних желаний и устремлений, он разочаровывается в Наполеоне, который любуется полем сражения и рассматривает убитых. Андрей Болконский, как и Пьер Безухов, приходит к неприятию Наполеона, к отрицанию самой идеи наполеонизма как выражению крайнего индивидуализма.